因患甲流请假期间，工资计算方式需根据请假类型及公司规章制度综合判断，具体如下：
- 医疗期内的病假工资
根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病（包括甲流）需要停止工作治疗时，公司应给予医疗期（一般3-24个月，根据工龄确定）。医疗期内：
- 工资支付标准：公司需按不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资（具体比例可能因地区政策略有差异，例如上海为100%，北京、广东为80%）。
- 关键依据：需提供医院出具的病假证明（如诊断书、病假条），否则公司可能按事假处理。
- 医疗期外或未达病假条件的工资
若员工未达到医疗期标准（如短期甲流仅请假1-2天），或医疗期已满仍需休息：
- 公司规章制度优先：若公司规章制度明确规定此类情况按事假处理，则工资按无薪或扣减日薪计算（需确保制度已通过民主程序公示且不违反法律强制性规定）。
- 无制度依据时：公司不得随意扣减工资，否则可能涉嫌违法。
- 特殊情形：疑似传染病隔离期
若因甲流被卫生部门要求隔离（如密切接触者），隔离期间工资支付需分情况：
- 政府强制隔离：公司应按正常工资支付（参考《传染病防治法》第41条）。
- 员工自行隔离：若无法提供医疗证明，可能按事假处理。
建议行动：
- 保留医院开具的病假证明，作为工资计算依据；
- 核对公司《员工手册》或劳动合同中关于病假、事假的条款；
- 若公司扣减工资不符合上述标准，可先与公司协商，协商不成可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
如有进一步疑问（如具体地区政策、公司制度合法性等），可直接向我咨询。