结论前置：针对农民工工资乙方不让甲方代付的情况，可以从合同约定、法律规定以及实际操作建议三个角度进行分析和解答。
合同约定角度：
- 合同条款审查：首先，需要审查甲乙双方签订的合同中是否有关于工资支付方式的明确约定。如果合同中明确规定了甲方可以代付工资，那么乙方不让甲方代付就可能构成违约，甲方有权依据合同条款要求乙方履行义务或承担违约责任。
- 合同变更与协商：如果合同中没有明确约定或约定不明确，双方可以通过协商变更合同条款，以明确甲方代付工资的合法性和具体操作方式。在协商过程中，应确保变更后的合同条款符合法律法规的规定，并充分保障农民工的合法权益。
法律规定角度：
- 劳动法规定：根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，农民工有权获得劳动报酬，且用人单位（在此情境下可理解为乙方或实际用工方）应当按时足额支付工资。如果乙方不让甲方代付导致农民工工资无法按时足额支付，乙方可能面临法律责任，包括但不限于支付拖欠工资、赔偿损失等。
- 代付合法性：在符合法律法规和合同约定的情况下，甲方代付工资并不违法。但需要注意的是，甲方代付工资时应确保资金来源合法、支付流程规范，并保留好相关支付凭证，以备查验。
实际操作建议角度：
- 沟通协商：建议甲乙双方首先进行友好沟通，明确各自的权利和义务，寻求双方都能接受的解决方案。在沟通过程中，可以邀请农民工代表参与，以确保他们的权益得到充分保障。
- 第三方介入：如果双方无法自行协商解决，可以考虑邀请第三方机构或个人（如劳动监察部门、行业协会、调解组织等）介入调解。第三方机构或个人可以提供专业的法律意见和调解服务，帮助双方达成和解协议。
- 法律途径：如果调解无果或乙方拒绝履行义务，甲方或农民工可以向劳动监察部门投诉举报，或者依法向人民法院提起诉讼，要求乙方支付拖欠的工资及赔偿损失。在法律途径中，应确保提供充分的证据材料以支持自己的主张。
额外提醒：在整个过程中，应始终关注农民工的合法权益，确保他们的工资能够按时足额支付。同时，甲乙双方也应加强合同管理，明确各自的权利和义务，以避免类似纠纷的再次发生。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。