结论前置：工厂在员工辞快工时扣除半个月工资的做法，一般是不合法的，但具体是否合法还需根据实际情况和劳动合同的约定来判断。以下从多个角度进行分析：
一、从法律规定角度分析
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得随意扣除劳动者的工资。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果工厂在员工入职时明确告知辞快工将扣除半个月工资，并且这一条款在劳动合同中也有明确约定，那么该条款可能因违反法律强制性规定而无效。因为，法律对于工资的支付有明确的强制性规定，用人单位不得通过约定来规避这些规定。
二、从劳动合同约定角度分析
如果劳动合同中有明确约定：即使劳动合同中有关于辞快工扣除工资的约定，但如果该约定违反了法律的强制性规定，如扣除工资的比例过高或扣除工资的理由不合法等，那么该约定也是无效的。在这种情况下，工厂扣除半个月工资的做法就是不合法的。
如果劳动合同中没有明确约定：如果劳动合同中没有关于辞快工扣除工资的约定，那么工厂在员工辞快工时扣除工资就缺乏法律依据，这种做法显然是不合法的。
三、从实际操作和合理性角度分析
即使工厂在员工入职时告知了辞快工将扣除工资，并且这一条款在劳动合同中也有约定，但扣除工资的比例应当合理。如果扣除的工资比例过高，导致员工的实际收入远低于正常水平，那么这种做法可能被视为对员工权益的侵害，也是不合法的。此外，工厂在扣除工资时，应当提供明确的扣除依据和计算方式，确保扣除的工资数额合理且透明。
四、建议与行动
与工厂协商：如果你认为工厂扣除工资的做法不合法或不合理，可以首先与工厂进行协商，要求工厂提供扣除工资的依据和计算方式，并尝试达成一个双方都能接受的解决方案。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对工厂的违法行为进行调查和处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能满足你的需求，你还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的合法权益。
最后，需要强调的是，每个案件的具体情况都有所不同，因此在处理类似问题时，建议你根据自己的实际情况和劳动合同的约定来综合判断。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。