结论：辞快工扣1000元是否合法，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、若员工主动辞职且未提前通知
法律规定：
- 根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
- 若员工未提前通知而擅自离职，给用人单位造成损失的，用人单位有权要求员工赔偿损失。
扣款合法性分析：
- 如果员工未提前通知而辞职，且因此给用人单位造成了实际损失（如招聘新员工的费用、生产中断的损失等），用人单位可以要求员工赔偿这部分损失。
- 但用人单位不能直接扣除员工1000元作为罚款，除非能够证明这1000元恰好是其因员工擅自离职而遭受的实际损失，且这一损失是合理且必要的。
- 在实际操作中，用人单位很难证明1000元恰好是其因员工擅自离职而遭受的实际损失，因此直接扣除1000元作为罚款的做法往往是不合法的。
二、若员工因用人单位违法行为而辞职
法律规定：
- 根据《劳动合同法》第三十八条，用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；（二）未及时足额支付劳动报酬的；（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
- 若员工因用人单位的上述违法行为而辞职，用人单位不仅无权扣除员工工资，还应支付员工经济补偿。
扣款合法性分析：
- 在这种情况下，用人单位扣除员工1000元作为罚款是完全不合法的。员工有权要求用人单位支付其应得的工资，并可能要求用人单位支付经济补偿。
三、若劳动合同或规章制度中有相关规定
法律规定：
- 用人单位可以在劳动合同或规章制度中规定员工辞职的相关事项，包括是否需要提前通知、是否需要支付违约金等。
- 但这些规定必须符合法律法规的规定，不能侵犯员工的合法权益。
扣款合法性分析：
- 如果劳动合同或规章制度中明确规定了员工未提前通知而辞职需要支付一定金额的违约金或赔偿金，且这一金额是合理且必要的（即能够证明是用人单位因员工擅自离职而遭受的实际损失），那么用人单位可以要求员工支付。
- 但即使劳动合同或规章制度中有相关规定，用人单位也不能随意扣除员工工资。如果员工认为扣除的金额不合理或违法，可以向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁。
建议
- 对于员工：在辞职前，最好提前与用人单位沟通并了解相关规定，确保自己的辞职行为符合法律法规和劳动合同的要求。如果因特殊原因需要辞快工，也应尽量与用人单位协商解决，避免产生不必要的纠纷。
- 对于用人单位：应制定合理的规章制度，明确员工辞职的相关事项和赔偿标准。在员工辞职时，应依法处理，避免随意扣除员工工资或采取其他违法行为。
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