结论：总公司帮分公司付款时，合同签订主体可以是分公司，也可以是总公司，具体取决于合同相对方的意愿、交易习惯及法律风险考量。以下从不同角度进行分析：
一、合同签订主体为分公司的情况
法律地位：分公司虽不具有独立法人资格，但依法设立并领取营业执照的分公司，可以以自己的名义从事民事活动，包括签订合同。因此，在总公司帮分公司付款的情境下，若合同相对方同意，分公司可以作为合同签订主体。
实际操作：在实际操作中，分公司以自己的名义签订合同，并由总公司代为付款，这种情况较为常见。此时，合同的权利义务由分公司承担，但总公司作为付款方，可能会在合同中或通过其他方式（如补充协议）明确其付款责任及与分公司的关系，以保障交易安全。
法律风险：分公司以自己名义签订合同，若发生纠纷，分公司需以自身财产承担责任。若分公司财产不足以清偿债务，总公司需承担补充清偿责任。因此，在签订合同时，应充分考虑分公司的偿债能力及总公司的风险承受能力。
二、合同签订主体为总公司的情况
法律地位：总公司作为独立法人，具有签订合同的完全民事行为能力。在总公司帮分公司付款的情境下，若合同相对方更倾向于与总公司签订合同，或出于交易安全、信誉等方面的考虑，总公司可以作为合同签订主体。
实际操作：总公司以自己名义签订合同，并明确约定由总公司代分公司付款。这种情况下，合同的权利义务由总公司承担，分公司作为实际受益方，可能需在合同中或通过其他方式（如内部协议）明确其与总公司的关系及付款安排。
法律风险：总公司以自己名义签订合同，需承担合同项下的全部责任。若因分公司原因导致合同无法履行或产生纠纷，总公司需承担相应法律责任。因此，在签订合同时，总公司应充分了解分公司的经营状况及潜在风险，并采取相应措施进行防范。
三、建议与考量
合同相对方意愿：在决定合同签订主体时，应充分考虑合同相对方的意愿。若合同相对方更倾向于与分公司或总公司签订合同，应尊重其选择，并在合同中明确约定相关条款。
交易习惯与风险：根据交易习惯及法律风险考量，选择合适的合同签订主体。若分公司具有较好的偿债能力及信誉，且合同相对方同意，可以选择分公司作为合同签订主体；若总公司具有更强的实力及信誉，或出于交易安全等方面的考虑，可以选择总公司作为合同签订主体。
明确约定付款责任：无论选择分公司还是总公司作为合同签订主体，都应在合同中明确约定付款责任及方式。若由总公司代分公司付款，应明确约定付款时间、金额及违约责任等条款，以保障交易安全及各方权益。
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