结论：分公司以总公司名义投标，中标后合同是与分公司签还是总公司签，这主要取决于招标文件的要求、投标时的承诺以及双方的实际协商情况，但通常情况下，若分公司以总公司名义投标，合同主体更可能是总公司，不过也存在与分公司签订合同的情形。以下从不同角度进行分析：
一、从招标文件及投标承诺的角度
招标文件规定：
- 招标文件中通常会明确规定投标人的资格要求、投标文件的编制要求以及中标后的合同签订主体等。如果招标文件明确规定中标后合同必须与总公司签订，那么即使分公司以总公司名义投标并中标，合同也应与总公司签订。
- 反之，如果招标文件没有明确规定合同签订主体，或者允许中标后根据实际情况确定合同签订主体，那么双方就有协商的空间。
投标承诺：
- 分公司在以总公司名义投标时，通常会提交一份投标文件，其中会包含对招标文件的响应以及自身的承诺。如果投标文件中明确承诺中标后合同将与总公司签订，那么这一承诺就具有法律约束力，双方应遵守。
- 如果投标文件中没有明确承诺合同签订主体，或者承诺可以与分公司签订合同，那么双方就可以根据实际情况进行协商。
二、从实际协商及合同履行的角度
双方协商：
- 在中标后，招标人和中标人（即总公司或分公司，取决于投标时的名义）会就合同的具体条款进行协商。在这个过程中，双方可以就合同签订主体进行讨论，并根据实际情况达成一致意见。
- 如果双方协商一致，认为与分公司签订合同更有利于合同的履行和管理，那么就可以选择与分公司签订合同。但这种情况下，通常需要总公司出具授权委托书或相关证明文件，以证明分公司有权代表总公司签订合同。
合同履行：
- 无论合同是与总公司还是分公司签订，最终都需要履行合同义务。如果合同是与总公司签订，但实际履行过程中是由分公司负责具体操作和管理，那么需要在合同中明确总公司和分公司的权利义务关系，以避免后续纠纷。
- 如果合同是与分公司签订，但分公司无法独立承担民事责任（如分公司没有独立的财产或注册资本），那么总公司可能需要承担连带责任或补充责任。因此，在签订合同时，需要充分考虑分公司的民事责任能力。
三、从法律风险的角度
合同效力：
- 无论合同是与总公司还是分公司签订，只要合同内容合法、双方意思表示真实且没有违反法律法规的强制性规定，合同就是有效的。但需要注意的是，如果分公司以总公司名义签订合同但未经总公司授权或追认，那么该合同可能对总公司不产生法律效力（除非构成表见代理）。
法律责任：
- 如果合同是与总公司签订，但实际履行过程中出现违约或侵权等法律责任问题，那么通常由总公司承担法律责任。但如果分公司存在过错或违法行为导致法律责任产生，总公司可以向分公司追偿。
- 如果合同是与分公司签订且分公司无法独立承担民事责任，那么总公司可能需要承担连带责任或补充责任。这增加了总公司的法律风险，因此在签订合同时需要谨慎考虑。
建议：在实际操作中，为了避免后续纠纷和法律风险，建议招标人和中标人在签订合同时明确合同签订主体、权利义务关系以及违约责任等条款。如果分公司以总公司名义投标并中标，但希望与分公司签订合同，那么需要总公司出具授权委托书或相关证明文件，并在合同中明确总公司和分公司的权利义务关系。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。