员工帮老板卖废纸所得款项应当转给老板，以下是具体分析：

1. 从职务行为角度：员工帮老板卖废纸，这通常属于职务行为。职务行为是指员工在工作过程中，按照老板的指示或为了公司的利益而进行的行为。在这种情况下，员工所卖废纸的所有权通常归属于老板或公司（如果废纸是公司产生的），因此，卖废纸所得的款项也应当归属于老板或公司。员工没有权利私自占有或处理这些款项，而应当将其转交给老板或按照公司的规定进行处理。
2. 从法律关系角度：如果员工与老板之间存在明确的雇佣关系，并且员工是在执行工作任务时卖废纸的，那么员工的行为就构成了代理行为。根据代理法的原则，代理人（员工）在代理权限内所实施的行为，其法律后果应当由被代理人（老板）承担。因此，卖废纸所得的款项应当归老板所有，员工应当将其转交给老板。
3. 从道德和职业操守角度：即使从非法律的角度来看，员工帮老板卖废纸并私自占有款项也是不道德和不职业的行为。这种行为违背了诚实信用和忠诚义务的原则，可能会损害老板的利益和信任。因此，从道德和职业操守的角度出发，员工也应当将卖废纸所得的款项转交给老板。

如果员工在卖废纸的过程中存在任何疑问或不确定的情况，比如废纸的所有权归属、款项的处理方式等，应当及时向老板或公司进行询问和确认，以避免不必要的纠纷和法律风险。如果员工在处理废纸款项时遇到任何法律问题，也可以直接向我咨询。