公司只扣工资高的员工的个税是不合法的。以下从多个角度进行分析说明：

1. 税收法定原则：

   • 根据我国税收法律的规定，个人所得税的征收是依据个人的收入情况来确定的，而非由公司自行决定。公司作为扣缴义务人，有义务按照税法规定，对所有员工的应税收入进行代扣代缴个人所得税，而不是仅针对工资高的员工。

2. 平等原则：

   • 在劳动关系中，所有员工都应享有平等的权利和义务。公司不能因员工工资高低而区别对待，只对工资高的员工扣缴个税，而对工资低的员工不扣缴或少扣缴。这种做法违反了平等原则，可能引发员工之间的不满和纠纷。

3. 公司义务与责任：

   • 公司作为扣缴义务人，有责任确保所有员工的个人所得税得到正确、及时的扣缴。如果公司未按照税法规定履行扣缴义务，可能会面临税务机关的处罚，包括罚款、滞纳金等。同时，公司还可能因此承担法律责任，如被追究逃税、漏税等违法行为的责任。

4. 员工权益保护：

   • 员工有权要求公司按照税法规定扣缴个人所得税，并有权查询、了解自己的纳税情况。如果公司只扣工资高的员工的个税，而员工对此不知情或提出异议，公司应积极回应并纠正错误做法，以保护员工的合法权益。

建议与措施：

• 公司应自查并纠正错误做法：如果公司存在只扣工资高的员工个税的情况，应立即进行自查，并纠正错误做法，确保所有员工的个人所得税得到正确、及时的扣缴。
• 加强税务合规培训：公司应加强对财务人员的税务合规培训，提高其对税法规定的理解和执行能力，避免因疏忽或误解而导致违法行为的发生。
• 建立有效的沟通机制：公司应建立与员工之间的有效沟通机制，及时解答员工关于纳税方面的疑问和困惑，增强员工对公司的信任感和归属感。

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