结论前置：劳动仲裁期间申请加班工时认定或追讨加班费，不影响您依法辞职的权利，但需注意辞职程序与仲裁事项的衔接，避免因操作不当影响权益。以下从法律程序、权益保障、操作建议三个角度展开分析：

一、法律程序角度：辞职与仲裁相互独立，但需注意时效衔接

1. 辞职权不受仲裁限制
   根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前30日（试用期3日）书面通知用人单位即可解除劳动合同，无需以仲裁结果为前提。即使您正在申请劳动仲裁（如追讨加班费、未签合同双倍工资等），仍可依法行使辞职权。

2. 仲裁时效可能因辞职中断
   若您因辞职导致劳动关系终止，需注意《劳动争议调解仲裁法》第二十七条规定的1年仲裁时效。例如：

   • 若您在职期间主张过去2年的加班费，辞职后需在1年内继续推进仲裁，否则可能因时效届满丧失胜诉权；
     
   • 若仲裁事项与辞职原因直接相关（如因单位拖欠加班费被迫辞职），需在辞职时明确书面说明原因，以便后续主张经济补偿金（详见下文权益保障部分）。

二、权益保障角度：辞职方式影响后续主张

1. 主动辞职（无补偿）
   若您因个人原因主动辞职，即使存在加班未支付的情况，通常无法主张经济补偿金，但仍可继续仲裁追讨加班费。此时需注意：

   • 保留加班证据（如考勤记录、加班审批单、工资条等），作为仲裁依据；
     
   • 辞职后尽快推进仲裁，避免时效问题。

2. 被迫辞职（可主张补偿）
   若您因单位存在《劳动合同法》第三十八条情形（如未及时足额支付劳动报酬、未依法缴纳社保等）辞职，可同时主张经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。操作要点：

   • 辞职时书面说明原因（如“因单位未支付加班费，现依据《劳动合同法》第三十八条解除劳动合同”）；
     
   • 将辞职通知送达单位（建议通过EMS邮寄，留存邮寄凭证）；
     
   • 在仲裁请求中同时列明“支付加班费”和“支付经济补偿金”。

三、操作建议：辞职与仲裁同步推进的注意事项

1. 时间规划

   • 若仲裁事项简单（如仅追讨近期加班费），可先辞职再仲裁，但需确保在1年时效内完成；
     
   • 若仲裁事项复杂（如涉及多年加班费、未签合同等），建议先推进仲裁再辞职，避免辞职后单位不配合提供证据（如考勤记录）。

2. 证据固定

   • 辞职前尽可能收集加班证据（如截图考勤系统、保存加班审批邮件等）；
     
   • 若单位拒绝提供加班记录，可在仲裁中申请法院责令单位提交（《劳动争议调解仲裁法》第三十九条）。

3. 程序衔接

   • 若已申请仲裁后辞职，需及时告知仲裁庭劳动关系终止情况，避免因主体资格问题影响程序；
     
   • 若辞职后新入职单位，需注意社保转移、竞业限制等潜在问题（如原单位要求支付违约金）。

总结：劳动仲裁期间可依法辞职，但需根据辞职原因选择是否主张经济补偿金，并注意仲裁时效与证据固定。若您正在处理类似问题，可直接向我咨询具体操作细节，我会结合您的案情提供进一步建议。