结论：新公司上班两个月请了2.5天病假，一般不会扣除全部工资，但具体扣除情况需依据公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规来确定。以下从不同角度为您详细分析：
一、公司规章制度与劳动合同的约定
公司规章制度：
- 许多公司会在其规章制度中明确规定病假的工资支付标准。例如，有些公司可能规定，员工在病假期间，公司会按照一定比例（如80%、70%等）支付工资，或者设定一个固定的病假工资标准。
- 如果公司规章制度中有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司通常会按照规章制度来执行。
劳动合同的约定：
- 劳动合同是员工与公司之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了病假期间的工资支付方式，那么公司应当按照劳动合同的约定来支付工资。
- 如果劳动合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么公司可能会依据其规章制度或者行业惯例来支付病假工资。
二、相关法律法规的规定
《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》：
- 该规定明确了企业职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。
- 在医疗期内，公司不得解除劳动合同，且应当按照国家规定支付病假工资或疾病救济费。病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
地方性法规或规章：
- 不同地区可能根据当地实际情况，制定了关于病假工资支付的地方性法规或规章。例如，有些地区可能规定了病假工资的具体计算方法或最低支付标准。
- 因此，在确定病假工资时，还需要考虑当地的地方性法规或规章。
三、具体扣除情况分析
如果公司规章制度或劳动合同中有明确规定：
- 那么公司会按照规定来支付病假工资。如果规定的是按比例支付，那么您2.5天的病假工资可能会按照相应比例扣除；如果规定的是固定标准，那么您可能会收到固定金额的病假工资。
如果公司规章制度或劳动合同中没有明确规定：
- 那么公司可能会依据行业惯例或当地最低工资标准来支付病假工资。在这种情况下，您2.5天的病假工资通常不会全部扣除，而是会按照一定比例或标准来支付。
如果公司违反法律法规或规章制度：
- 如果公司违反了相关法律法规或规章制度，未支付或未足额支付病假工资，那么您有权向公司提出异议，并要求公司补足工资差额。如果公司拒绝补足，您还可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
建议：为了更准确地了解您的病假工资支付情况，建议您先查阅公司的规章制度和劳动合同中关于病假工资支付的相关规定。如果仍有疑问或发现公司存在违法行为，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。