在综合工时制下，劳动者在法定节假日工作的，用人单位应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬； （二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬； （三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

这一规定明确指出了在法定节假日工作的劳动者应获得的工资报酬标准，即不低于正常工作时间工资的百分之三百。

二、综合工时制下的特殊情况

综合计算工时工作制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。

对于实行综合计算工时工作制的劳动者，在法定节假日工作的，同样应按照上述法律规定支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这是因为法定节假日是劳动者的休息日，用人单位安排劳动者在法定节假日工作，实际上是对劳动者休息权的剥夺，因此应当给予更高的工资报酬作为补偿。

三、计算方式

法定节假日加班的三倍工资具体计算方式为：

基本工资/21.75天/8小时×300%×实际加班小时数

其中，21.75天是月计薪天数，这是根据国家规定计算得出的。通过这个公式，可以准确计算出劳动者在法定节假日加班时应获得的工资报酬。

四、注意事项

1. 法定节假日的具体范围：包括元旦、春节、清明节、劳动节、端午节、中秋节和国庆节等节日。在这些节日里，如果用人单位安排劳动者工作，就必须支付三倍工资。
2. 调休问题：法定节假日加班不能以调休替代三倍工资。这是保障劳动者权益的重要法律规定，用人单位必须遵守。
3. 劳动合同的约定：虽然综合计算工时工作制有其特殊性，但用人单位与劳动者之间的劳动合同或协议中仍应明确约定加班工资待遇等相关条款，以保障双方的合法权益。

五、法律救济途径

如果用人单位未按规定支付法定节假日的三倍工资，劳动者有权通过法律途径维护自己的合法权益。具体来说，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁等。

综上所述，在综合工时制下，劳动者在法定节假日工作的，用人单位应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这是法律对劳动者权益的保障，也是用人单位应尽的义务。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。