刑事案件转行政案件后，可以出具不予立案通知书，但需分情况讨论：

1. 刑事转行政案件的背景与程序要求
   根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第186条，公安机关在侦查过程中发现案件不构成刑事犯罪，但需追究行政责任的，应撤销刑事案件，并将案件及相关证据材料移送至有管辖权的行政机关处理。此程序的核心在于“刑事转行政”的衔接，需确保案件性质从刑事责任转化为行政责任，且证据材料完整移交。

2. 不予立案通知书的适用场景

   • 刑事阶段的不予立案：若公安机关在立案审查阶段即认为案件不符合刑事立案条件（如缺乏犯罪事实、证据不足等），会直接出具《不予立案通知书》，并告知控告人可申请复议或向检察院申诉。此时案件尚未进入侦查程序，与“转行政案件”无关。
     
   • 刑事转行政后的处理：若案件已进入侦查阶段，后因证据不足或情节轻微撤销刑事案件并转行政处理，公安机关通常不会针对原刑事案件再出具《不予立案通知书》。此时，案件已通过“撤销刑事案件+移送行政机关”的程序完成性质转化，行政机关将依据《行政处罚法》等规定对违法行为进行调查并作出行政处罚决定。

3. 实务中的关键点

   • 程序衔接的合法性：公安机关需严格依据《刑事诉讼法》第16条（情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪）或第177条（犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚）撤销刑事案件，并确保移送行政机关的证据材料符合行政案件的证明标准。
     
   • 当事人权利保障：若当事人对刑事转行政的处理有异议（如认为应追究刑事责任），可依据《公安机关办理刑事复议复核案件程序规定》申请刑事复议或复核；若对行政处罚不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
     
   • 文书出具的规范性：公安机关在刑事转行政过程中，应向当事人出具《撤销案件决定书》而非《不予立案通知书》，并明确说明案件性质转化及移送行政机关的依据。行政机关受理案件后，将独立开展调查并作出行政决定。

总结：刑事案件转行政案件后，公安机关不会针对原刑事案件出具《不予立案通知书》，而是通过撤销刑事案件并移送行政机关的方式完成程序转化。若您对具体案件的程序合法性或权利救济途径有疑问，可直接向我咨询，我将结合案件细节提供进一步分析。