当刑事案件的申诉已经受理，而被告人正在服刑时，诉讼程序并不会因此而中止，而是会依据法律规定继续推进，并特别注重保障被告人的合法权益。以下是对此情况的一个详细解答：
一、管辖与起诉（或申诉）地点
在刑事案件中，通常由犯罪地的人民法院进行管辖。不过，如果被告人居住地的人民法院审判更为适宜，那么也可以由其进行管辖。对于正在服刑的被告人提出申诉的情况，这一原则同样适用。申诉材料应提交至有管辖权的法院，即犯罪地或被告人居住地（如适宜）的人民法院。
二、诉讼（或申诉）文书的送达
法院会采取特定方式，如委托服刑地的监狱等相关机构，来代为送达诉讼或申诉文书。这样做是为了确保被告人能够及时收到并了解诉讼或申诉的进展，以及自己在此过程中的权利和义务。
三、庭审程序与参与方式
庭审安排：法院会合理安排庭审时间和程序，可能会考虑到服刑人员的特殊情况，如到其所在的监狱等场所开庭，或者采用视频等方式让服刑人员参与庭审。
诉讼权利：服刑人员作为被告人，仍然享有辩护权等诉讼权利。如果经济困难或其他符合法律援助条件，司法机关应为其指定法律援助律师，以确保其能够充分行使自己的诉讼权利。
合并审理：如果服刑人员的新犯罪案件与之前的服刑案件有关联，相关司法机关会按照法定程序进行合并审理，以提高诉讼效率并确保判决的公正性。
四、判决与执行
判决作出：法院会依据事实和法律作出判决。对于正在服刑的被告人提出申诉的情况，法院会重新审查案件事实和证据，并作出相应的判决。如果新罪与前罪有关联，法院会进行并罚。
执行程序：判决的执行会遵循刑事诉讼法的相关规定。如果判决需要服刑人员履行某种义务（如支付罚金或赔偿金等），法院会与服刑地监管部门协调执行，如扣划工资收入等。
五、综合建议
积极配合：作为服刑人员，应积极配合法院的工作，充分利用自己的诉讼权利，如答辩、举证、质证等，以确保自身合法权益不受侵害。
寻求法律援助：如果经济困难或需要专业法律帮助，应及时向司法机关申请法律援助，以获得专业的法律支持和指导。
关注案件进展：服刑人员应密切关注案件的进展情况，及时了解法院的判决和执行情况，以便做出相应的应对和准备。
综上所述，当刑事案件的申诉已经受理而被告人正在服刑时，诉讼程序会依法进行，并特别注重保障被告人的合法权益。法院及各方当事人应共同努力，确保诉讼程序的顺利进行和公正裁决的实现。