当公司申请破产时，对于尚未履行完毕的合同，管理人有权根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，决定解除或者继续履行，并需及时通知对方当事人。以下是详细的分析和解答：

1. 管理人的选择权

   • 法律依据：根据《中华人民共和国企业破产法》第十八条，管理人对破产申请受理前成立而债务人和对方当事人均未履行完毕的合同，有权决定解除或者继续履行。
   • 目的：这一规定旨在使管理人能够灵活处理合同，以最大化债务人财产价值，维护全体债权人的利益。

2. 行使选择权的期限

   • 通知期限：管理人需在破产申请受理之日起二个月内通知对方当事人其决定，或在收到对方当事人催告之日起三十日内给予答复。
   • 未通知或未答复的后果：若管理人未在上述期限内行使权利，将视为自动解除合同。

3. 继续履行合同的条件与后果

   • 条件：若管理人认为继续履行合同对破产财产有利，如能够带来经济收益或维持企业的运营价值，可以选择继续履行。
   • 要求：管理人需确保有足够的资源来支持合同的履行，并可能需要获得债权人会议的同意或法院的批准。同时，对方当事人有权要求管理人提供担保，以保障其债权的实现。若管理人不提供担保，则视为解除合同。
   • 风险承担：继续履行合同可能带来的风险由双方当事人自行承担，但管理人应确保合同的履行不会损害其他债权人的利益。

4. 解除合同的法律后果

   • 损害赔偿请求权：合同解除后，对方当事人有权以因合同解除所产生的损害赔偿请求权申报债权。该损害赔偿额应根据《民法典》等相关法律法规确定，并在破产清偿顺序中作为普通债权处理。
   • 财产取回权：若债务人在合同履行过程中占有对方当事人的财产，对方当事人有权依法取回该财产。

5. 特殊类型合同的处理

   • 劳动合同：根据《劳动合同法》，用人单位被依法宣告破产后，劳动合同终止。但需注意，破产清算期间仍需支付职工工资、医疗、伤残补助等费用。
   • 金融类合同：如贷款合同、担保合同等，通常设有专门的条款来处理破产情况，需按照合同约定和相关法律法规进行处理。

6. 处理过程中的注意事项

   • 保护债权人利益：在处理未履行完毕的合同过程中，应充分考虑债权人的利益，确保破产财产的公平分配。
   • 遵循法定程序：所有处理行为均需遵循《企业破产法》及相关法律法规的规定，确保程序的合法性和有效性。
   • 及时沟通与协商：管理人应与合同相对方保持密切沟通，就合同的处理方式进行协商，争取达成双方都能接受的解决方案。

总结：在处理公司申请破产时尚未履行完毕的合同时，管理人应充分考虑合同的实际履行情况、对债务人财产的影响以及全体债权人的利益，及时、合理地行使选择权，并遵守相关法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。