针对您提出的问题“公司给申请劳动能力鉴定但没勾选停工留薪期确认怎么办”，以下是一套详细且有条理的解决方案，希望能帮助您有效维护自己的合法权益：

一、确认基础情况

1. 核实工伤认定：首先，请确认您已经完成了工伤认定，这是享受停工留薪期等工伤待遇的基础。如果尚未完成工伤认定，请尽快向相关部门申请，以确保后续权益的保障。

2. 了解停工留薪期政策：

   • 定义：停工留薪期是指职工因工作受伤或患职业病需要暂停工作接受医疗，期间原工资、福利等待遇不变的期限。
   • 时长：一般来说，停工留薪期不超过12个月。在特殊情况下，如伤情严重或情况复杂，可以延长，但总时长不得超过24个月，且需经过市级劳动能力鉴定委员会的确认。

二、与用人单位沟通

1. 主动沟通：一旦发现公司未勾选停工留薪期确认，您应主动与用人单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通。

2. 出示材料：在沟通时，请出示您的工伤认定决定书和劳动能力鉴定结论等材料，以证明您应享有停工留薪期的法律依据。

3. 明确要求：要求用人单位按照相关规定执行，包括正常发放您在停工留薪期间的工资和福利待遇。

三、寻求行政帮助

1. 投诉举报：如果与用人单位的沟通无果，您可以向当地的劳动保障行政部门进行投诉举报。

2. 请求介入：劳动保障行政部门有权对用人单位进行监督检查，并可以责令其改正违法行为，同时督促用人单位支付您应得的停工留薪期工资。

四、法律途径维权

1. 申请劳动仲裁：

   • 前提条件：如果与用人单位协商不成，且您注意申请仲裁的时效为一年（从知道或应当知道权利被侵害之日起计算），则可以考虑申请劳动仲裁。
   • 准备材料：在申请劳动仲裁时，您需要准备仲裁申请书、身份证明、用人单位的工商信息、工伤认定决定书、劳动能力鉴定结论书、相关病历资料以及能证明停工留薪期间的证据。
   • 仲裁流程：提交申请后，仲裁机构会安排开庭审理。在庭审过程中，您需要清晰阐述事实依据和请求，以便仲裁机构能够做出公正的裁决。

2. 提起诉讼：如果您对劳动仲裁的结果不满意，还可以向法院提起诉讼，以进一步维护自己的合法权益。

五、注意事项

1. 申请时效：请确保在规定的时效内完成工伤认定和停工留薪期的申请，以免错过法律保护的期限。

2. 全面权益：除了停工留薪期工资外，您还应注意工伤医疗待遇、护理费等其他相关权益的保障。如果用人单位未给予这些待遇，您同样可以通过上述途径进行维权。

六、总结与建议

综上所述，如果公司给您申请劳动能力鉴定时未勾选停工留薪期确认，您应尽快采取行动，通过与用人单位沟通、寻求行政帮助、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。同时，建议您全面了解相关政策法规，保留好相关证据材料，并在规定时效内完成相关程序，以确保自身权益得到有效保护。