结论前置：公司要求农民工签结清证明再发工资，这一行为是否合法，需分情况讨论，关键在于结清证明的内容是否真实反映了工资支付情况，以及农民工是否自愿签署。

1. 若结清证明内容真实且农民工自愿签署：

   • 在这种情况下，公司要求签署结清证明作为发放工资的前提条件，并不直接违反法律规定。结清证明可以视为双方对工资支付情况的一种确认，有助于明确双方的权利义务，减少后续纠纷。但前提是，结清证明的内容必须真实、准确，且农民工是在充分了解并自愿的基础上签署的。
   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者有权获得劳动报酬，用人单位应当按时足额支付。若双方通过结清证明的形式对工资支付情况进行确认，且该确认不违反法律法规的强制性规定，那么这种行为是合法的。

2. 若结清证明内容不真实或农民工非自愿签署：

   • 如果结清证明的内容与实际情况不符，或者农民工是在被胁迫、欺诈等非自愿情况下签署的，那么这一行为就是违法的。因为这侵犯了农民工的合法权益，如获得劳动报酬的权利，以及自愿、平等地签订劳动合同和协议的权利。
   • 法律后果：在这种情况下，农民工有权向劳动监察部门投诉，或者通过法律途径（如劳动仲裁、诉讼等）来维护自己的合法权益。公司可能面临行政处罚、民事赔偿等法律责任。
   • 具体建议：农民工在签署结清证明前，应仔细阅读证明内容，确保与自己的实际工资支付情况相符。如果发现有任何不符或疑问，应及时向公司提出并要求更正。同时，农民工也有权拒绝签署不真实或非自愿的结清证明，并可以向相关部门寻求帮助。

进一步思考：

• 对于公司而言，要求农民工签署结清证明作为发放工资的前提条件，虽然在一定程度上可以规范工资支付流程，减少纠纷，但必须确保结清证明的真实性和农民工的自愿性。否则，不仅可能面临法律责任，还可能损害公司的声誉和形象。
• 对于农民工而言，应增强自我保护意识，了解自己的合法权益，并在签署任何文件前仔细阅读并理解其内容。如果遇到任何疑问或问题，应及时向相关部门或专业人士咨询并寻求帮助。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。