结论：质保金的起算时间通常应以工程实际竣工验收合格之日为准，但如果甲方擅自使用未经验收的工程，则质保金起算时间可能以甲方擅自使用之日为准，具体需结合合同约定和实际情况判断。

分析说明：

1. 合同约定优先：

   • 在建设工程合同中，双方通常会明确约定质保金的起算时间、比例、支付方式等条款。如果合同中明确规定了质保金以工程竣工验收合格之日为起算点，那么应当遵循合同约定。
   • 若合同中未明确约定，或者约定不明确，则需要依据相关法律法规和行业惯例进行判断。

2. 甲方擅自使用未验收工程的情况：

   • 根据《建设工程质量管理条例》等相关法律法规，建设工程未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。如果甲方擅自使用未经验收的工程，可能面临法律责任。
   • 在此情况下，如果因甲方擅自使用导致工程出现质量问题，甲方可能需要承担相应的责任。同时，质保金的起算时间也可能因此受到影响，有可能以甲方擅自使用之日作为质保金的起算点，但这并非绝对，仍需结合合同约定和实际情况判断。

3. 质保金起算时间的实际判断：

   • 在实际操作中，如果工程因甲方原因未能按时进行竣工验收，但甲方已经擅自使用，且双方对质保金起算时间存在争议，那么可能需要通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
   • 法院或仲裁机构在判断质保金起算时间时，会综合考虑合同约定、工程实际情况、甲方擅自使用的时间点以及双方过错程度等因素。

法律建议：

• 对于甲方：在建设工程中，应严格遵守相关法律法规和合同约定，不得擅自使用未经验收的工程。如果因特殊原因需要提前使用，应与乙方协商并签订补充协议，明确质保金起算时间等关键条款。
• 对于乙方：在签订合同时，应明确约定质保金的起算时间、比例、支付方式等条款，并保留好相关证据。如果甲方擅自使用未经验收的工程，乙方应及时提出异议并要求甲方承担相应责任。同时，在质保期内，乙方应积极履行维修义务，确保工程质量符合合同约定。

可能后果：

• 如果甲方擅自使用未经验收的工程，并因此导致工程质量问题，甲方可能需要承担修复费用、赔偿损失等法律责任。
• 如果双方对质保金起算时间存在争议且无法协商解决，可能需要通过法律途径解决争议，这将增加双方的时间成本和诉讼成本。

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