如果公司已经将合同给员工，但员工不承认，公司可以采取以下措施来维护自身权益：

1. 全面收集并固定证据：

   • 合同文本：首先，确保公司留存有合同的原件或复印件，这是最直接的证据。如果合同是电子版的，应保存好电子文档及其发送记录，如邮件、聊天记录等，以证明合同已经发送给员工。
   • 签字确认记录：如果合同中有员工的签字，应确保签字是真实的，并保留好签字页的复印件或照片。如果可能，可以请第三方见证或进行公证，以增强证据的效力。
   • 其他相关证据：如员工在合同签订后的工作表现、考勤记录、工资支付记录等，这些都能间接证明员工已经接受了合同的内容并实际履行了合同义务。

2. 尝试与员工协商解决：

   • 在收集了足够证据后，公司可以尝试与员工进行友好协商，明确指出员工不承认合同的行为是不合理的，并要求其承认合同内容或解释不承认的原因。
   • 协商过程中，公司应保持冷静和理性，避免情绪化的争执，同时保留好沟通记录，如谈话录音、聊天记录等，以备不时之需。

3. 向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁：

   • 如果协商无果，公司可以向当地劳动监察部门投诉，提交收集的证据，请求其介入调查并处理员工的不承认行为。
   • 同时，公司也可以考虑向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求确认劳动合同的效力或要求员工履行合同义务。在仲裁申请中，公司需详细陈述诉求、事实和理由，并提交所有相关证据。

4. 提起诉讼：

   • 如果劳动仲裁结果不满意，公司可以在规定时间内向人民法院提起诉讼，要求法院确认劳动合同的效力或判决员工履行合同义务。
   • 在诉讼过程中，公司需要按照法院的要求提交起诉状、证据等材料，并参加庭审。法院将根据法律规定和事实情况进行判决。

可能面临的法律后果及建议：

• 如果员工确实未签字或合同存在瑕疵：公司可能需要承担一定的法律责任，如支付未签订劳动合同的双倍工资差额等。因此，公司在签订合同时应确保合同的合法性和有效性，并妥善保管好合同文本。
• 如果员工恶意否认合同：公司可以通过法律途径追究其法律责任，如要求其赔偿因否认合同给公司造成的损失等。同时，公司也应加强内部管理，完善合同签订和保管流程，以防止类似情况再次发生。

在处理此类纠纷时，公司应注意以下几点：

• 确保所提供的证据真实、合法、有效，并尽可能全面地反映公司与员工之间的劳动关系和合同签订情况。
• 及时关注相关法律法规的变化，以便更好地维护自己的权益。
• 在整个处理过程中保持冷静和理性，避免情绪化的争执和不必要的法律风险。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。