结论前置：休息日不上班工厂做出处罚是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若员工在休息日未违反公司规章制度或未造成公司损失，工厂的处罚行为是不合法的。

详细分析：

1. 休息日的法律性质：

   • 休息日是员工依法享有的休息时间，根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工在休息日有权休息，不应被要求工作，除非有特殊情况（如紧急任务、突发事件等）且经与员工协商一致。

2. 工厂处罚的合法性依据：

   • 工厂对员工进行处罚，必须基于员工违反了公司的规章制度或法律法规。若员工在休息日未上班，且未违反任何规章制度或造成公司损失，工厂则无权对其进行处罚。
   • 若工厂规章制度中明确规定了休息日不上班将受到处罚，且该规定不违反法律法规的强制性规定，同时员工在入职时已明确知晓并同意该规定，那么在特定情况下（如员工无故旷工、违反公司明确规定的休息日安排等），工厂可能依据规章制度进行处罚。但这种情况较为特殊，且需严格符合法律法规和规章制度的要求。

3. 可能的法律后果：

   • 若工厂无正当理由对员工在休息日不上班进行处罚，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求工厂撤销处罚决定，并可能要求工厂支付因处罚造成的经济损失。
   • 若工厂的处罚行为构成违法解除劳动合同，员工还有权要求工厂支付经济补偿金或赔偿金。

4. 建议与行动：

   • 对于员工而言，若遇到工厂在休息日不上班进行处罚的情况，首先应查看公司的规章制度，确认自己是否违反了相关规定。
   • 若认为自己未违反规定，可与工厂进行沟通协商，要求撤销处罚决定。
   • 若沟通无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

特殊情况说明：

• 若员工与工厂之间有特殊约定（如弹性工作制、调休等），且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么员工在休息日不上班是否受到处罚，需根据具体约定来判断。
• 若员工因个人原因（如疾病、家庭紧急情况等）无法在休息日上班，且已及时向工厂说明情况并提供了相关证明，工厂一般不应对其进行处罚。

总结：休息日不上班工厂做出处罚是否合法，需根据具体情况判断。在一般情况下，若员工未违反公司规章制度或未造成公司损失，工厂的处罚行为是不合法的。员工应了解自己的权益，并在必要时采取法律手段维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。