若单位起诉否认劳动关系，针对争议期间的工资损失，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 确认劳动关系是主张工资损失的前提：

   • 在劳动争议中，确认劳动关系是主张工资损失、加班费、社保等权益的基础。若单位否认劳动关系，你首先需要通过法律途径确认双方存在劳动关系。这通常可以通过劳动合同、工资条、工作证、考勤记录、同事证言等证据来证明。

2. 收集并保存证据：

   • 在争议期间，务必收集并保存所有能证明你与单位存在劳动关系的证据，以及能证明你应得工资数额的证据，如工资条、银行转账记录、工资发放通知等。这些证据将在后续的法律程序中起到关键作用。

3. 申请劳动仲裁确认劳动关系并主张工资损失：

   • 若单位否认劳动关系，你可以向当地劳动仲裁委员会申请仲裁，要求确认双方存在劳动关系，并主张争议期间的工资损失。劳动仲裁委员会将根据双方提供的证据进行裁决。
   • 工资损失的计算：通常，工资损失的计算会基于你应得的工资数额与实际未获得的工资数额之差。若你能提供充分的证据证明你的应得工资数额，劳动仲裁委员会将据此进行裁决。计算公式可以表示为：工资损失 = 应得工资 - 实际获得工资。在实际操作中，应得工资可能包括基本工资、奖金、津贴等所有应得收入。

4. 对仲裁结果不服的，可以提起诉讼：

   • 若你对劳动仲裁委员会的裁决结果不服，可以在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，你需要继续提供证据支持你的主张，并接受法院的审理和判决。

5. 考虑其他可能的法律途径：

   • 除了劳动仲裁和诉讼外，你还可以考虑通过劳动监察部门投诉、申请法律援助等途径来维护自己的合法权益。这些途径可能因地区而异，具体操作前建议咨询当地相关部门或专业律师。

在处理此类纠纷时，有几点建议供你参考：

• 保持冷静和理性：劳动争议可能涉及复杂的法律程序和情绪化的对抗，保持冷静和理性有助于你更好地应对纠纷。
• 及时咨询专业律师：劳动法律领域涉及众多法规和政策，专业律师能为你提供准确的法律意见和有效的维权策略。若你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。
• 积极配合法律程序：在劳动仲裁或诉讼过程中，你需要积极配合法律程序，提供必要的证据和材料，以便法律机构能更准确地了解案情并作出公正裁决。

希望以上信息能对你有所帮助。若你在处理此类纠纷过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。