在职务侵占案件中，即使企业出具了谅解书，行为人仍有可能被起诉，但谅解书通常会对案件的处理产生积极影响，如从轻或减轻处罚、可能获得缓刑等。以下是对此问题的详细分析：
一、谅解书对刑事诉讼程序的影响
侦查阶段：
- 若犯罪情节较轻，且企业出具了谅解书，公安机关可能会认为无继续羁押的必要，从而变更强制措施为取保候审。这有助于行为人暂时恢复自由，等待后续的法律程序。
审查起诉阶段：
- 人民检察院在审查起诉时，会综合考虑犯罪情节、行为人的认罪态度、悔罪表现以及是否取得企业谅解等因素。若企业出具了谅解书，且行为人符合其他从宽处理的条件（如自首、立功、积极退赃等），人民检察院可能会作出相对不起诉决定，即行为人不被追究刑事责任。
审判阶段：
- 在审判阶段，企业谅解书是量刑的重要考量因素。根据《最高人民法院关于常见犯罪的量刑指导意见》，积极赔偿并取得谅解的，可以减少基准刑的40%以下；未取得谅解但积极赔偿的，减少30%以下；虽未赔偿但取得谅解的，减少20%以下。因此，谅解书有助于行为人获得更轻的刑罚。
二、谅解书对量刑的具体影响
侵占数额较大：
- 原本可能处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。有谅解书的情况下，可能会在该量刑区间内从轻处罚，如判处拘役或较短刑期并处罚金。
侵占数额巨大：
- 原本处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。有谅解书则可能在三年左右量刑，并适当减轻罚金。
可能获得缓刑：
- 如果行为人的犯罪情节较轻，有悔罪表现，且没有再犯罪的危险，同时宣告缓刑对所居住社区没有重大不良影响，法院可能会根据具体情况对其宣告缓刑。谅解书作为悔罪表现的一种体现，有助于行为人获得缓刑。
三、民事赔偿方面的影响
- 职务侵占行为给企业造成经济损失的，企业谅解通常基于行为人退赔、补偿等。双方达成谅解后，一般会形成一致的解决方案，行为人按约定赔偿后，企业通常不再就此事另行起诉。这有助于快速解决纠纷，避免漫长的诉讼过程和高昂的诉讼费用。
四、注意事项
谅解书的合法性与有效性：
- 谅解书必须合法合规，不得损害国家、集体或第三人的利益。协议应明确双方的权利和义务，以及违约责任等条款。否则，谅解书可能被视为无效，无法对案件处理产生积极影响。
司法机关的审查与确认：
- 即使双方达成了谅解协议，司法机关仍会对案件进行审查。如果认为有必要继续追究行为人的刑事责任，司法机关可能会依法作出相应处理。因此，谅解书并非免罪金牌，而是作为量刑时的一个参考因素。
全面考虑案件情况：
- 法院在量刑时会综合考虑犯罪性质、情节、危害后果以及被告人的认罪态度、悔罪表现等因素。谅解书只是其中之一，并非唯一决定因素。因此，行为人不能仅凭谅解书就期望完全免除刑事责任。
总结来说，职务侵占案件中企业出具谅解书后，行为人仍有可能被起诉，但谅解书通常会对案件处理产生积极影响。若您或您身边的人涉及此类案件，建议及时咨询专业律师，以便更全面地了解案件情况并制定合适的应对策略。