结论：公司只写2500工资，其余部分放在奖金里是否合法，需根据具体情况判断，若奖金属于工资的合理组成部分且符合相关法规，则是合法的；若奖金设置不合理或违反法规，则可能不合法。以下从多个角度进行分析：
一、工资与奖金的法律定义及关系
根据《关于工资总额组成的规定》及相关法律法规，工资是指用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式直接支付给劳动者的劳动报酬，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、延长工作时间的工资报酬以及特殊情况下支付的工资等。奖金作为工资的一种形式，是用人单位根据劳动者的工作表现、业绩或贡献等给予的额外奖励。
二、合法性分析
若奖金属于工资的合理组成部分：
- 如果公司明确将奖金作为工资的一部分，且奖金的发放条件、标准等在劳动合同或公司规章制度中有明确规定，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司将部分工资以奖金形式发放是合法的。
- 例如，公司规定每月基本工资为2500元，同时根据员工的工作表现、业绩等发放一定比例的奖金，这种做法是合法的。
若奖金设置不合理或违反法规：
- 如果公司以奖金名义克扣员工工资，或者奖金的发放条件、标准等不明确、不公平，甚至违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准等），那么这种做法可能是不合法的。
- 例如，公司规定每月只发放2500元基本工资，其余部分作为奖金，但奖金的发放条件极为苛刻，几乎无法达到，或者奖金的数额远低于员工应得的工资差额，这种做法可能构成克扣工资，违反法律法规。
三、特殊情况下的考虑
- 最低工资标准：根据《最低工资规定》，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。如果公司将部分工资以奖金形式发放，导致员工实际收到的工资低于最低工资标准，那么这种做法是违法的。
- 劳动合同约定：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了工资的构成和数额，用人单位应当按照约定支付工资。如果用人单位擅自改变工资构成或数额，可能构成违约行为。
四、建议与措施
- 员工角度：如果员工对公司将部分工资以奖金形式发放的做法有疑问或不满，可以首先查阅劳动合同和公司规章制度中关于工资和奖金的规定。如果认为公司的做法违反了法律法规或劳动合同约定，可以向公司提出异议或向劳动监察部门投诉。
- 公司角度：公司应当合理设置工资和奖金制度，确保奖金的发放条件、标准等明确、公平且符合法律法规的强制性规定。同时，公司应当与员工充分沟通，确保员工了解工资和奖金的构成和发放方式。
如有更多关于劳动纠纷方面的疑问，可以直接向我咨询。