结论前置：综合工时制下，每小时工资按最低工资标准计算是否违法，需分情况讨论，不能一概而论。

详细分析：

1. 综合工时制的基本概念：

   • 综合工时制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业职工，而采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。

2. 综合工时制下的工资计算：

   • 在综合工时制下，企业应按照劳动者实际工作时间支付工资。若劳动者在综合计算周期内的总实际工作时间超过总法定标准工作时间，超出部分应视为延长工作时间，并按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付工资报酬。
   • 若劳动者在综合计算周期内的总实际工作时间未超过总法定标准工作时间，则企业只需按正常工资标准支付工资，无需额外支付加班费。

3. 按最低工资标准计算每小时工资的合法性：

   • 合法情况：如果劳动合同中明确约定了劳动者的小时工资标准为最低工资标准，且该标准不低于当地政府规定的最低小时工资标准，同时劳动者在综合计算周期内的总实际工作时间未超过总法定标准工作时间，那么企业按最低工资标准计算每小时工资是合法的。
   • 违法情况：如果劳动合同中未明确约定小时工资标准，或者约定的小时工资标准低于当地政府规定的最低小时工资标准，或者劳动者在综合计算周期内的总实际工作时间超过了总法定标准工作时间而企业未按加班工资标准支付报酬，那么企业按最低工资标准计算每小时工资就是违法的。

4. 具体案例与法律条款：

   • 假设某地区最低小时工资标准为20元，而企业与劳动者签订的劳动合同中约定的小时工资标准为18元，且劳动者在综合计算周期内存在加班情况。此时，企业若按18元/小时支付工资，就违反了最低工资标准的规定，因为18元低于当地政府规定的最低小时工资标准20元。
   • 根据《劳动法》第四十四条：“有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：……（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。”虽然此条款直接针对的是法定休假日的加班工资，但同样体现了加班工资应高于正常工作时间工资的原则。在综合工时制下，超出法定标准工作时间的部分也应视为加班，并支付相应的加班工资。

建议与总结：

• 企业在采用综合工时制时，应明确与劳动者约定小时工资标准，并确保该标准不低于当地政府规定的最低小时工资标准。
• 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解自己的工资标准和加班工资的计算方式。
• 若企业存在违法支付工资的情况，劳动者有权向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

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