结论：在劳动仲裁确认劳动关系的过程中，若员工要求单位交出指纹打卡机但数据被修改，员工可以采取多种措施来维护自己的权益，包括收集其他证据、申请仲裁机构调查取证、申请鉴定以及寻求法律援助等。
详细分析：
收集其他证据：
- 尽管指纹打卡机的数据可能被修改，但员工仍可以尝试收集其他与劳动关系相关的证据，如工资条、工作证、工作服、同事证言、工作记录、邮件往来等。这些证据可以辅助证明员工与单位之间存在劳动关系。
申请仲裁机构调查取证：
- 根据《劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议仲裁委员会对与劳动争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。因此，员工可以向劳动仲裁机构申请，要求单位提供指纹打卡机的原始数据或相关证据。如果单位拒绝提供或无法提供，仲裁机构可能会根据其他证据来认定劳动关系。
申请鉴定：
- 如果员工怀疑指纹打卡机的数据被修改，且该数据对确认劳动关系至关重要，员工可以申请对指纹打卡机的数据进行鉴定。鉴定机构可以通过技术手段恢复或验证数据的真实性，从而为仲裁提供有力证据。但需要注意的是，鉴定过程可能较为复杂且费用较高，员工需根据实际情况权衡利弊。
寻求法律援助：
- 在整个过程中，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。律师可以协助员工收集证据、准备仲裁材料、参与仲裁庭审等，从而更好地维护员工的合法权益。
后续行动建议：
- 及时行动：员工在发现指纹打卡机数据被修改后，应尽快采取行动，收集其他证据并申请仲裁机构调查取证，以免证据灭失或难以收集。
- 保持冷静：在处理劳动争议时，员工应保持冷静和理性，避免与单位发生不必要的冲突或争执。通过合法途径维护自己的权益是更为明智的选择。
- 持续跟进：员工应持续跟进仲裁案件的进展情况，及时了解仲裁机构的裁决结果，并根据裁决结果采取相应的后续行动。
可能法律后果：
- 如果员工能够提供足够的证据证明与单位之间存在劳动关系，且单位无法提供反驳证据或拒绝提供相关证据，仲裁机构可能会裁决确认劳动关系成立，并要求单位承担相应的法律责任。
- 如果员工无法提供足够证据或证据不足以证明劳动关系存在，仲裁机构可能会裁决驳回员工的仲裁请求。但员工仍可以通过其他途径（如诉讼）继续维护自己的权益。
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