若申请劳动仲裁时工厂删除了打卡记录，您仍可通过以下途径维护自身权益：

1. 要求工厂承担举证不利后果
   根据《劳动争议调解仲裁法》第六条及《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十四条，用人单位负有保管考勤记录的法定义务（通常为2年）。若工厂故意删除考勤记录，属于未履行举证责任，仲裁委可直接采信劳动者主张的考勤事实（如口头陈述、证人证言等），或要求工厂承担不利后果。
   操作建议：在仲裁申请书中明确指出工厂“恶意销毁证据”，并要求仲裁委依据上述法条裁决。

2. 通过其他证据补强考勤事实
   即使原始打卡记录被删除，仍可收集以下证据证明工作时间：

• 间接考勤证据：工资条（显示加班费计算基数）、工作群聊天记录（提及加班或到岗时间）、同事证言（需出庭作证）、门禁系统照片（显示进出时间）、工作邮件/系统操作记录（证明工作时段）；
  
• 特殊情形证据：若工厂通过指纹/人脸识别打卡，可申请仲裁委要求工厂提供设备后台数据（部分设备数据存储于云端，工厂可能未彻底删除）；
  
• 公证证据：若发现工厂删除记录前已留存截图或录像，可提前公证固定证据。
  操作建议：优先收集与工资、加班费直接相关的证据，形成完整证据链。

1. 申请仲裁委调查取证
   根据《劳动争议调解仲裁法》第三十九条，劳动者可申请仲裁委向工厂调取考勤记录（如云端备份、纸质存档等）。若工厂拒不提供，仲裁委可依据《劳动人事争议仲裁办案规则》第十七条，直接认定劳动者主张的考勤事实成立。
   操作建议：在仲裁申请书中明确写明“申请仲裁委责令被申请人提供考勤记录”，并附上工厂可能存储记录的线索（如设备型号、存储路径等）。

2. 主张工厂构成违法行为
   若工厂删除考勤记录的目的是逃避支付加班费、未签劳动合同双倍工资等义务，除主张权益外，还可向劳动监察部门投诉工厂“未依法提供考勤记录”（违反《劳动合同法》第八条），监察部门可责令工厂整改并处罚。
   操作建议：同步提交投诉材料至当地劳动监察大队，形成“仲裁+监察”双重压力。

关键提醒：

• 劳动仲裁中，劳动者无需证明工厂“故意删除”，只需证明工厂“未提供考勤记录”即可触发举证责任倒置；
  
• 证据收集需围绕“工作时间”这一核心，避免偏离主题（如单纯争论工厂是否违法删除记录）；
  
• 若工厂抗辩“已提供考勤记录”，可要求其出示书面签收凭证（若无，则视为未履行举证义务）。
  

如有进一步证据或细节需要分析，可直接向我说明具体情况，我会为您制定更精准的应对策略。