结论：员工借调至其他部门后，若未获得对应岗位补贴，是否合理需根据具体情况判断，包括借调协议约定、公司规章制度以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、借调协议约定
若借调协议中有明确约定：
- 如果借调协议中明确规定了借调期间员工应享受的岗位补贴、福利待遇等，那么公司未按照协议约定支付补贴，则属于违约行为，员工有权要求公司按照协议履行支付义务。
若借调协议中未明确约定：
- 如果借调协议中未对岗位补贴进行明确约定，那么员工能否获得补贴将取决于公司规章制度、行业惯例以及双方协商的结果。
二、公司规章制度
公司规章制度有明确规定：
- 如果公司规章制度中明确规定了借调员工应享受的岗位补贴标准，那么公司应按照规章制度执行。若公司未支付，员工可以依据规章制度要求公司支付。
公司规章制度无明确规定：
- 如果公司规章制度中未对借调员工的岗位补贴进行明确规定，那么员工能否获得补贴将更多地依赖于双方协商和行业惯例。
三、相关法律法规
《劳动合同法》相关规定：
- 根据《劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。如果借调行为被视为劳动合同的一种变更或补充，那么双方应就变更或补充的内容进行协商并达成一致。若借调导致员工工作内容、工作地点等发生重大变化，且公司未给予相应补偿，员工可能有权要求公司支付岗位补贴或采取其他补偿措施。
地方性法规或政策：
- 某些地区可能出台了关于借调员工权益保护的地方性法规或政策，员工可以查阅当地的相关规定，了解自己是否享有获得岗位补贴的权利。
四、实际操作建议
与公司协商：
- 员工可以首先与公司进行协商，明确借调期间的岗位补贴问题。如果公司同意支付补贴，最好签订书面协议以明确双方的权利和义务。
查阅公司规章制度：
- 员工可以查阅公司的规章制度，了解公司对于借调员工岗位补贴的规定。如果公司规章制度中有明确规定，员工可以依据规定要求公司支付补贴。
寻求法律援助：
- 如果公司拒绝支付补贴且双方无法达成一致，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的权益和可能的维权途径。
进一步思考：在借调过程中，员工应保留好相关证据，如借调协议、公司规章制度、工作记录等，以便在需要时证明自己的权益。同时，员工也应关注当地关于借调员工权益保护的相关法律法规和政策，以便更好地维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。