在挂靠在客运公司的车辆发生事故后，客运公司（被挂靠企业）通常需要与挂靠人共同承担连带责任。这一结论主要基于以下几个方面的法律分析和实际情况考量：
一、法律依据与责任认定
明确法规：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千二百一十一条的规定，以挂靠形式从事道路运输经营活动的机动车发生交通事故造成损害，且属于该机动车一方责任的，挂靠人和被挂靠人需承担连带责任。这一规定旨在加强对受害人的保护，确保其能够获得充分的赔偿。
责任基础：
- 被挂靠企业对挂靠车辆的运行具有一定的管控能力，如审核驾驶员资质、监督车辆安全性能等。同时，被挂靠企业也从挂靠关系中获取了经济利益，如管理费、挂靠费等。因此，当挂靠车辆发生事故时，被挂靠企业应承担相应的责任。
二、责任的具体情形与考量
管控能力与经济利益：
- 被挂靠企业作为名义上的车主，对挂靠车辆的运行负有一定的管理责任。如果被挂靠企业未能尽到合理的注意义务，如未对驾驶员资质进行严格审核、未对车辆进行定期安全检查等，那么在事故发生时，被挂靠企业可能需要承担更大的责任。
名义使用与公众信任：
- 挂靠人以被挂靠企业的名义从事运输活动，公众基于对被挂靠企业的信任而与挂靠车辆进行互动。因此，为了保护受害人的权益，被挂靠企业应与挂靠人共同承担责任。
三、保险赔偿与责任分担
保险先行：
- 挂靠车辆发生交通事故后，首先由保险公司在限额内承担赔偿责任。这包括交强险和商业险等。如果保险赔偿足以覆盖受害人的损失，那么被挂靠企业和挂靠人的责任可能相对较轻。
剩余责任承担：
- 若超出保险限额或不在理赔范围内，则由责任人或被挂靠公司承担剩余责任。这可能包括医疗费、误工费、护理费、交通费、住宿费、伙食补助费、营养费、鉴定费、残疾赔偿金、丧葬费、被扶养人生活费、死亡赔偿金及精神损害抚慰金等。
四、可能减轻或免除责任的情形
无过错证明：
- 如果被挂靠企业能够证明自己已经尽到了合理的注意义务，如严格审核驾驶员资质、安全管理到位等，并且对事故的发生没有过错，那么法院可能会根据具体情况减轻其责任。
内部协议效力：
- 虽然被挂靠企业与挂靠人之间可能签订有内部协议，约定责任分担方式，但此类协议仅对双方有效，不能对抗第三人。因此，在面对受害人索赔时，被挂靠企业仍需承担连带责任。不过，事后被挂靠企业可以依据内部协议向挂靠人进行追偿。
五、实际建议与操作
加强管理与监督：
- 作为被挂靠企业，客运公司应加强对挂靠车辆的管理和监督，确保车辆符合安全标准，驾驶员具备合法资质，以降低潜在风险。
完善合同条款：
- 在与挂靠人签订挂靠合同时，应明确约定双方的权利义务关系，包括责任分担方式、保险购买要求等，以便在事故发生时能够有明确的依据进行处理。
及时应对事故：
- 一旦发生事故，客运公司应积极配合相关部门进行调查处理，及时与受害人沟通协商赔偿事宜，以维护自身形象和信誉。
综上所述，挂靠在客运公司的车辆发生事故后，客运公司作为被挂靠企业通常需要与挂靠人共同承担连带责任。但具体责任大小和分担方式还需根据事故具体情况、双方过错程度以及保险赔偿情况等因素进行综合判断。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。