法院的合同制书记员同工不同酬一般是不合法的，以下从多个角度进行分析：

一、法律原则层面

根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有平等就业和选择职业的权利，以及取得劳动报酬的权利。同工同酬是劳动法的基本原则之一，它要求用人单位对于从事相同工作、付出等量劳动且取得相同劳动业绩的劳动者，应支付同等的劳动报酬。因此，如果法院的合同制书记员与正式编制书记员从事相同的工作，但报酬不同，这显然违反了同工同酬的原则。

二、具体规定层面

1. 劳动合同约定：如果合同制书记员与用人单位（即法院）在劳动合同中明确约定了薪酬待遇，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该约定是有效的。但是，如果合同中的薪酬条款违反了同工同酬的原则，那么该条款可能因违法而无效。
2. 单位规章制度：如果法院的规章制度中规定了合同制书记员与正式编制书记员在薪酬待遇上的差异，且这种差异没有合理的理由（如学历、工作经验、技能水平等），那么这种规章制度也可能因违反同工同酬原则而无效。

三、实践操作层面

在实际操作中，如果合同制书记员发现自己的薪酬待遇与正式编制书记员存在明显差异，且这种差异无法用合理的理由来解释，那么他们可以通过以下途径来维护自己的合法权益：

1. 与用人单位协商：首先，合同制书记员可以尝试与用人单位进行协商，要求用人单位按照同工同酬的原则调整薪酬待遇。
2. 申请劳动仲裁：如果协商无果，合同制书记员可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求用人单位支付同工同酬的差额部分。
3. 提起诉讼：如果对劳动仲裁结果不满意，合同制书记员还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的合法权益。

四、特殊情况说明

虽然同工同酬是劳动法的基本原则，但在某些特殊情况下，用人单位可能因工作性质、岗位特点等原因，对不同劳动者实行不同的薪酬待遇。然而，这种差异必须基于合理的理由，并且不能违反法律、行政法规的强制性规定。对于法院的合同制书记员而言，如果他们的薪酬待遇与正式编制书记员存在差异，且这种差异无法用合理的理由来解释，那么这种差异就是不合法的。

建议：如果您是法院的合同制书记员，且发现自己的薪酬待遇与正式编制书记员存在明显差异，建议您先与用人单位进行协商，了解差异的原因。如果协商无果，您可以考虑申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。