结论：公司与员工协商一天工作9小时是否合法，需分情况讨论，主要取决于是否超过了法定工作时间上限以及是否支付了相应的加班费。

分析如下：

1. 法定工作时间规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是法定的工作时间上限，任何超出此限度的安排都可能涉及加班问题。

2. 协商延长工作时间：

   • 在特殊情况下，如因生产经营需要，用人单位可以与劳动者协商延长工作时间。但延长的工作时间一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
   • 在您提到的情况中，公司与员工协商一天工作9小时，即比法定8小时多出1小时。这1小时在一般情况下是允许的，但需确保不违反每月延长工作时间的总限制（即每月不超过36小时），并且应支付相应的加班费。

3. 加班费支付：

   • 根据《劳动法》的规定，安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。因此，如果公司要求员工一天工作9小时，那么超出8小时的那1小时应按照不低于工资的150%支付加班费。

4. 特殊情况与例外：

   • 需要注意的是，有些特殊行业或岗位可能适用不定时工作制或综合计算工时工作制，这些制度下的工作时间安排可能有所不同。但即便如此，也需确保劳动者的休息权得到保障，并符合相关法律法规的规定。

建议：

• 对于公司而言，应严格遵守国家关于工作时间的法律法规，合理安排员工的工作时间，确保不超出法定上限，并及时支付加班费。
• 对于员工而言，如果公司要求的工作时间超出了法定上限或未支付加班费，可以与公司进行协商沟通，要求公司调整工作时间或支付加班费。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

可能后果：

• 如果公司违反国家关于工作时间的法律法规，未合理安排员工工作时间或未支付加班费，可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。同时，员工也有权要求公司承担相应的法律责任。

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