当公司面临在职员工提起的劳动仲裁时，应当采取一系列积极、有序且合法的措施来应对，以确保公司的合法权益得到妥善维护。以下是一套详细的处理步骤和建议：
一、初步响应与签收文书
及时签收：公司在收到劳动仲裁委员会送达的仲裁申请书副本、应诉通知书等法律文书后，应立即签收，并仔细查看这些文件，明确员工的仲裁请求（如支付工资、经济补偿、加班费等）、所依据的事实和理由，以及仲裁开庭的时间、地点等关键信息。
初步沟通：在签收文书后，公司可以主动与提出仲裁的员工进行初步沟通，了解其具体诉求和原因，这有助于为后续的协商或抗辩打下基础。
二、组建专业应对团队与全面收集证据
组建团队：公司应依托内部法务部门或聘请专业劳动法律师，同时联合人力资源部门、业务部门等相关人员，共同组成应对团队。这个团队将负责全面处理仲裁事宜，包括收集证据、撰写答辩状、参加庭审等。
证据收集：应对团队需要全面收集和整理相关证据，以证明公司的立场和行为的合法性。这些证据包括但不限于劳动合同、公司规章制度、工资支付记录、考勤记录、工作交接记录、沟通记录等。在收集证据时，要确保证据的真实性、合法性和关联性。
三、深入分析仲裁请求与制定应对策略
分析请求：应对团队需共同研究员工的仲裁请求，结合收集到的证据进行深入分析，判断其合理性及法律依据。这有助于公司更准确地把握仲裁的核心问题，为制定应对策略提供依据。
制定策略：根据分析结果，公司应制定相应的应对策略。如果公司确实存在过错或不当行为，可以考虑与员工进行和解或调解；如果公司无过错或员工请求不合理，则应积极准备抗辩，确定答辩要点和思路。
四、撰写答辩书与积极参加仲裁庭审
撰写答辩书：在规定时间内，公司应提交答辩书，清晰、有条理地阐述公司的观点和理由，并附上相关证据清单及说明。答辩书是公司在仲裁过程中的重要法律文件，应确保内容准确、逻辑严密。
参加庭审：公司应提前安排好出庭人员，确保其熟悉案件情况、证据和答辩思路。在庭审中，出庭人员应遵守纪律，按照仲裁员的指引进行陈述、答辩、举证、质证等环节。通过有效的庭审表现，公司可以更好地维护自己的合法权益。
五、寻求和解或调解与加强后续管理
和解或调解：在仲裁过程中，公司可以主动与员工进行和解或调解，以节省时间和成本，避免矛盾激化。如果双方能够达成一致意见，可以签订和解协议或调解书，从而结束仲裁程序。
加强管理：无论仲裁结果如何，公司都应加强对员工的人事管理，确保签订书面劳动合同，并明确双方的权利和义务。同时，公司应严格执行劳动相关法律法规，规范用工行为，降低劳动争议和法律风险的发生概率。
六、遵守仲裁裁决与依法提起诉讼
遵守裁决：如果仲裁裁决支持员工的部分或全部请求，且公司未在规定时间内提起诉讼，则应按照裁决书的要求履行义务。这有助于维护公司的信誉和形象，避免进一步的法律纠纷。
依法提起诉讼：如果对仲裁裁决不服，公司可以在规定时间内向有管辖权的人民法院提起诉讼，并按照诉讼程序进行后续处理。在诉讼过程中，公司应继续提供证据支持自己的主张，并积极参与庭审活动。
综上所述，公司在面对在职员工劳动仲裁时，应保持冷静、理性，依法依规进行处理。通过组建专业团队、全面收集证据、制定合理策略、积极参与庭审和调解等环节，公司可以有效维护自己的合法权益，并加强后续的人事管理和法律风险防范工作。