核心结论：分公司员工入职总公司后被辞退，赔偿金的计算与支付需根据具体情况判断，主要分为以下两种情况：

1. 劳动关系转移且未中断的情形
   若员工从分公司调入总公司时，劳动关系直接转移至总公司且未中断（例如通过内部调岗协议完成主体变更），则总公司作为新用人单位需承担全部法律责任。此时赔偿金计算依据《劳动合同法》第四十七条：
   

• 经济补偿金：按员工在分公司和总公司的工作年限合并计算，每满1年支付1个月工资；6个月以上不满1年的按1年计算，不满6个月的支付半个月工资。
  
• 赔偿金（违法解除时）：若总公司无正当理由违法解除劳动合同，需按经济补偿金的2倍支付赔偿金（即工作年限×月工资×2）。
  关键点：需保留分公司与总公司关于劳动关系转移的书面协议（如调岗通知、劳动合同主体变更条款），以证明工作年限的连续性。

1. 劳动关系重新签订且中断的情形
   若员工从分公司离职后，再与总公司重新签订劳动合同（例如分公司注销、员工主动离职后入职），则工作年限重新计算。此时：
   

• 经济补偿金：仅按员工在总公司的工作年限计算（标准同上）。
  
• 赔偿金（违法解除时）：同理按总公司工作年限的2倍计算。
  例外情形：若分公司与总公司为关联企业，且员工非因本人原因从分公司被安排至总公司（如分公司撤销、业务转移），根据《劳动合同法实施条例》第十条及司法实践，可主张工作年限合并计算，但需提供证据（如调动通知、工资发放记录等）。

操作建议：

1. 立即收集证据：劳动合同（分公司及总公司版本）、工资流水、调岗/离职证明、解除劳动合同通知等；
   
2. 确认解除合法性：若总公司以“不能胜任工作”“客观情况重大变化”等理由解除，需审查其是否履行法定程序（如培训、协商调岗、提前30日通知等）；
   
3. 协商或仲裁：优先与总公司协商赔偿方案，若协商不成，可在1年内向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   

如有进一步细节（如解除理由、证据材料等），可直接向我咨询，我会结合具体情形为您分析。