当分公司注销时，员工的赔偿问题确实是一个重要的法律议题，需要依据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规来处理。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据与赔偿原则
根据《劳动合同法》的相关规定，当用人单位（包括分公司）被依法宣告破产、决定提前解散或被吊销营业执照等情形下，劳动合同将终止。在此情况下，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。这是分公司注销时员工赔偿的基本原则。
二、赔偿标准与计算方式
经济补偿金：
- 计算方式：经济补偿金按照员工在本单位工作的年限来计算。每满一年支付一个月工资的标准向员工支付；六个月以上不满一年的，按一年计算，支付一个月工资的经济补偿；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
- 工资基数：月工资是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。如果员工月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，支付经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
其他可能的赔偿：
- 如果分公司在注销过程中存在违法行为，如未按时支付工资、未缴纳社会保险等，员工除了可以要求经济补偿金外，还可以要求分公司承担相应的法律责任，包括补缴社会保险、支付拖欠的工资及相应的赔偿金等。
三、赔偿程序与途径
协商：
- 员工可以首先尝试与分公司就赔偿事宜进行协商，看是否能够达成和解协议。这种方式相对灵活，可以更快地解决问题。
劳动仲裁：
- 如果协商不成，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会将依法进行裁决，要求分公司支付经济补偿金及其他应得的赔偿。
诉讼：
- 如果员工对仲裁裁决不服，还可以向人民法院提起诉讼。通过司法途径，员工可以进一步维护自己的合法权益。
四、注意事项与建议
保留证据：
- 员工应妥善保管与分公司签订的劳动合同、工资条、考勤记录等证据材料。这些证据在后续的协商、仲裁或诉讼过程中将起到关键作用。
及时维权：
- 员工应在知道或应当知道自己的权益受到侵害之日起一年内提出仲裁申请。逾期可能会错过维权时效，导致无法获得应有的赔偿。
关注公司动态：
- 员工应密切关注分公司的经营状况，及时了解分公司注销的相关信息。这样可以在第一时间采取措施维护自己的权益，避免错过最佳时机。
寻求专业帮助：
- 如果员工在处理赔偿问题时遇到困难或不确定如何操作，可以寻求专业律师或法律援助机构的帮助。他们可以提供专业的法律意见和指导，帮助员工更好地维护自己的权益。
综上所述，分公司注销时员工的赔偿问题需要依据相关法律法规来处理。员工应了解自己的权益和赔偿标准，及时采取措施维护自己的合法权益。