结论前置：员工休息被扣休是否违法，需根据具体情况判断。一般来说，未经协商或无正当理由扣减员工休息时间，可能构成违法；但在特定情况下，如因生产经营需要且经过合法程序与劳动者协商一致，并依法支付加班费或确保不违反工作时间限制，可能不构成违法。以下从多个角度进行详细分析：
一、合法情形
协商一致延长工作时间：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间。
- 实际应用：若用人单位因特殊原因需要员工加班，且已与员工协商一致，并依法支付了加班费，同时确保员工每周至少休息一日，那么这种扣减部分休息时间以完成工作任务的行为，在法律上是被允许的。
紧急情况下的必要休息调整：
- 情形说明：在发生自然灾害、事故等紧急情况下，或生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障必须及时抢修时，用人单位可能需要调整员工的工作和休息时间。
- 实例分析：如因突发设备故障，企业需要员工加班抢修，此时扣减部分休息时间以完成抢修任务，且事后给予了相应的补休或加班费，那么这种行为也是合法的。
二、违法情形
无故扣减休息时间：
- 行为界定：如果用人单位未经协商或无正当理由扣减员工的休息时间，即构成违反劳动法的行为。
- 法律后果：劳动者有权向劳动行政部门投诉，要求用人单位纠正并支付相应的补偿，包括加班费、经济补偿甚至赔偿金。
超出法定工作时间限制：
- 法律规定：国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下，延长工作时间每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。
- 违法情形：若用人单位未经协商或超出法定工作时间限制延长员工的工作时间，且未依法支付加班费，那么这种行为构成违法。
违反劳动合同约定：
- 合同约定：企业与员工签订的劳动合同中明确约定了工作时间和休息安排。
- 违约行为：若企业未经与员工协商一致，擅自改变原有的工作安排，扣减员工休息时间并减少相应工资，则构成违约，员工有权要求企业承担违约责任。
三、劳动者权益保护建议
- 了解自身权益：劳动者应熟悉《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，了解自己的休息权、工作时间限制以及加班费支付等权益。
- 及时沟通协商：若用人单位提出扣减休息时间的要求，劳动者应与用人单位及时沟通协商，明确工作安排和加班费支付等事项。
- 依法维权：若劳动者认为用人单位的行为侵犯了自己的合法权益，可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。
总结与建议：员工休息被扣休是否违法，需根据具体情况判断。用人单位应尊重并保障劳动者的休息权利，在确需延长工作时间的情况下，应依法与劳动者协商并支付加班费。劳动者也应了解自己的权益，如遇违法行为，可依法维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。