当违法建筑租赁合同被认定为无效时，赔偿问题需遵循《中华人民共和国民法典》及相关司法解释的规定。以下是对此问题的详细解答：
一、合同无效的法律依据
根据《最高人民法院关于审理城镇房屋租赁合同纠纷案件具体应用法律若干问题的解释》，如果租赁物是未取得建设工程规划许可证或未按照建设工程规划许可证规定建设的房屋，那么基于该租赁物签订的租赁合同将被认定为无效。
二、赔偿原则
过错责任原则：
- 赔偿应遵循过错责任原则，即双方应根据各自的过错程度承担相应的赔偿责任。
实际损失赔偿：
- 赔偿范围通常限于因合同无效而给当事人造成的实际损失，这包括直接损失和间接损失，但间接损失需有充分证据证明与合同无效有直接因果关系。
三、具体赔偿内容
租金与押金的返还：
- 承租人已支付的租金，出租人应予以返还，同时扣除承租人实际使用房屋期间的费用。
- 押金也应全额返还给承租人。
装修装饰损失的赔偿：
- 若经出租人同意进行装饰装修，合同无效后，已形成附合的装饰装修物，出租人可能需按过错比例分担现值损失。
- 未形成附合的部分，承租人可拆除，但因拆除造成房屋毁损的，需承担赔偿责任。
- 若未经出租人同意装饰装修，出租人有权要求承租人恢复原状或赔偿损失。
扩建费用的处理：
- 承租人经出租人同意扩建且办理合法建设手续的，扩建造价费用由出租人负担。
- 未办理合法建设手续的，扩建造价费用由双方按过错分担。
其他实际损失的赔偿：
- 包括但不限于因合同无效导致的搬迁费用、临时安置费用等，这些损失需提供充分证据予以证明。
四、赔偿程序
协商赔偿：
- 双方可首先尝试通过友好协商解决赔偿事宜，并达成书面协议。
诉讼解决：
- 若协商不成，任何一方均可向人民法院提起诉讼，要求确认合同无效并主张赔偿。
- 法院将根据双方的过错程度和实际损失情况作出判决。
综上所述，违法建筑租赁合同无效后的赔偿问题涉及多个方面，包括租金与押金的返还、装修装饰损失的赔偿、扩建费用的处理以及其他实际损失的赔偿。在处理此类问题时，应遵循过错责任原则和实际损失赔偿原则，并尝试通过协商或诉讼的方式解决赔偿事宜。