核心结论：单位在两年后不认可工伤认定，并声称是员工擅自做主认定工伤，这一说法通常不成立。工伤认定是由法定机构依法作出的，具有法律效力，单位不能单方面否认。

详细分析：

1. 工伤认定的法律效力：

   • 工伤认定是由社会保险行政部门（如人社局）根据《工伤保险条例》等相关法律法规，对员工是否因工作遭受事故伤害或患职业病进行的认定。
   • 一旦认定结果作出，即具有法律效力，单位和个人均应遵守。除非通过法定程序（如行政复议、行政诉讼）进行撤销或变更，否则单位不能单方面否认。

2. 单位不认可工伤认定的可能原因及应对：

   • 原因：单位可能出于经济考虑（如不愿承担工伤赔偿）、对工伤认定程序不了解或存在误解等原因，不认可工伤认定。
   • 应对：员工应首先确认工伤认定是否已经依法作出，并保留好相关证据（如工伤认定书、医疗证明等）。若单位不认可，员工可以要求单位提供不认可的法律依据，并考虑通过法律途径维护自己的权益。

3. 员工应如何维护自己的权益：

   • 与单位协商：员工可以尝试与单位进行协商，看是否能够达成和解。在协商过程中，员工应明确表达自己的诉求和依据，并保留好协商记录。
   • 申请劳动仲裁：若协商无果，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在仲裁过程中，员工需要提供充分的证据证明自己的工伤认定是合法的，以及单位不认可的行为是违法的。
   • 提起诉讼：若对仲裁结果不满意，员工还可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，员工需要遵循法院的诉讼程序，提供充分的证据支持自己的诉求。

4. 关于“擅自做主认定工伤”的澄清：

   • 工伤认定不是员工可以“擅自做主”的。它必须由法定机构（如社会保险行政部门）依法进行，并遵循严格的程序和标准。
   • 因此，单位声称员工“擅自做主认定工伤”是没有法律依据的，也是对员工权益的侵犯。

法律建议：

• 员工应保留好工伤认定书、医疗证明等相关证据，以备不时之需。
• 若单位不认可工伤认定，员工应首先与单位进行协商，看是否能够达成和解。
• 若协商无果，员工应及时向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 若单位不认可工伤认定且未通过法定程序进行撤销或变更，其单方面否认的行为可能被视为违法，需要承担相应的法律责任。
• 员工若通过法律途径维护自己的权益并胜诉，单位可能需要承担工伤赔偿等法律责任。

总之，面对单位不认可工伤认定的情况，员工应保持冷静，依法维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。