员工书面离职申请后，即使公司不批准，该离职申请依然有效。员工离职是一项法定权利，只要符合法律规定的程序和条件，公司无权阻挠。以下从法律层面、实际操作层面为你详细分析：

法律层面

1. 《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条：

   • 核心内容：劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同；在试用期内，则只需提前三日通知。
   • 解读：这是劳动者的单方解除权，无需用人单位批准。只要员工按照法律规定的时间和形式履行了通知义务，离职即为合法有效。例如，非试用期内的员工小李提前三十天向公司提交了书面离职申请，无论公司是否批准，三十天后小李均可合法离职。

2. 《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条（特殊情形下的离职权）：

   • 核心内容：用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；（二）未及时足额支付劳动报酬的；（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。
   • 解读：这些情形为劳动者提供了法定的正当理由来解除劳动合同，公司同样没有批准与否的决定权。例如，若公司长期拖欠工资，员工有权随时解除劳动合同并要求支付工资及相应补偿。

实际操作层面

1. 提交离职申请：

   • 员工应按照规定的时间和形式（通常是书面形式）向用人单位提交离职申请，并保留好相关证据，如邮件发送记录、快递回执等。这些证据在后续可能的劳动争议中至关重要。

2. 与公司沟通：

   • 尽管法律赋予了劳动者单方解除权，但在实际操作中，与公司保持良好沟通仍有助于减少不必要的纠纷。你可以尝试与上级或人力资源部门进行坦诚的沟通，了解公司不批准离职的具体原因，并表达离职的决心和理由。

3. 维权途径：

   • 如果公司因员工离职而扣发工资或拒绝办理离职手续，员工可以向当地劳动监察大队投诉，或者提起劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或仲裁过程中，你需要提供身份证、劳动合同、离职申请、沟通记录等证据材料。

特殊情况处理

• 若你与公司签订有特殊合同（如竞业限制协议、培训协议等），在离职时还需考虑这些特殊合同的约定，避免违反相关规定而承担法律责任。
• 对于特定行业或岗位（如高管、技术人员等），可能涉及更多的离职手续和注意事项。在这种情况下，建议你咨询我以获取更具体的法律指导。

综上所述，员工离职是受到法律严格保护的权益。只要符合法律规定的条件和程序，员工即有权单方面解除劳动合同，无需用人单位批准。若遇到公司不当阻挠或侵害权益的情况，你应勇敢拿起法律武器来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。