同一企业内实施不同的休假制度，是否违法需分情况讨论，具体如下：

1. 若不同休假制度基于合理区分（如岗位性质、工作强度）且符合法律规定
   企业可根据实际需求，针对不同岗位或员工群体制定差异化休假政策。例如：

   • 一线生产岗位因工作连续性要求，可能采用轮休制；
     
   • 行政岗位则按法定标准执行双休及节假日休息。
     此类区分若未违反《劳动法》第三十八条（每日工作时间不超过8小时、平均每周不超过44小时）及第四十四条（加班工资支付标准），且已通过民主程序（如职工代表大会）协商一致，则属于合法范畴。

2. 若不同休假制度存在歧视性或违反强制性规定
   若企业以性别、年龄、户籍等非工作相关因素划分休假待遇，或剥夺员工法定休假权利（如强制要求部分员工在法定节假日工作且不支付三倍工资），则涉嫌违法。例如：

   • 仅允许本地员工享受带薪年假，外地员工无此待遇；
     
   • 规定特定部门员工“自愿”放弃休息日，但未依法支付200%加班费。
     此类行为违反《劳动法》第四十五条（带薪年休假制度）及第四十四条第二、三款（休息日/法定节假日加班工资支付标准），员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 特殊情形下的合法性认定

   • 综合计算工时制：经劳动行政部门批准，企业可对特定岗位（如交通、旅游行业）实行以周、月、季为周期的综合工时制，但平均日/周工作时间不得超过法定标准，且法定节假日工作仍需支付三倍工资。
     
   • 不定时工作制：适用于高管、外勤等无法按标准工时衡量的岗位，企业无需支付加班费，但需确保员工休息权（如每日连续工作不超过11小时）。
     关键点：上述特殊工时制需严格履行审批程序，且企业不得以“特殊工时”为由变相剥夺员工休息权。

法律建议：

• 企业端：制定休假制度时，应确保区分标准与工作性质相关，且符合法定最低标准；涉及特殊工时制的，需提前向劳动行政部门申请并公示。
  
• 员工端：若发现企业休假制度违法，可先与企业协商；协商无果的，可收集证据（如考勤记录、工资条）向当地劳动监察大队举报，或申请劳动仲裁主张权益。

法律依据：

• 《中华人民共和国劳动法》第三十八条、第四十四条、第四十五条
  
• 《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》（劳部发〔1994〕503号）
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的合规性判断。