两个公司之间协议转让出让土地使用权是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合同有效性角度
主体资格：
- 转让方必须拥有合法的土地使用权，并有权进行转让。例如，若转让方是通过出让方式取得国有土地使用权的，需确保其已按照出让合同的约定支付全部土地使用权出让金，并取得土地使用权证书。
- 受让方需具有相应的民事行为能力和履行合同的能力，如具备支付转让款的能力，并符合土地用途规划等要求。
合同条款：
- 合同应明确约定土地的位置、面积、用途、转让价格、付款方式、交付时间、过户手续、违约责任等关键条款。
- 合同内容不得违反国家关于土地使用权转让的强制性规定。例如，不得将土地使用权转让给不符合土地用途规划或未达到法定投资强度的受让方。
二、土地使用权合法性角度
土地性质：
- 确定土地的性质（国有土地或集体土地）。国有土地使用权的转让需遵循《中华人民共和国城市房地产管理法》等相关规定；集体土地使用权的转让则需符合《中华人民共和国土地管理法》中关于集体土地流转的规定。
- 不同性质的土地在转让程序和条件上存在显著差异。例如，国有土地使用权的转让通常需经过土地管理部门的审批，并办理土地变更登记手续；而集体土地使用权的转让则可能受到更多限制，如需经村民会议或村民代表会议同意等。
土地权属：
- 转让方需提供清晰的土地权属证明，确保土地无抵押、查封等权利受限情况。若土地存在权属争议或权利瑕疵，将严重影响转让合同的履行。
- 受让方在签订合同前，应对土地权属进行尽职调查，以避免后续纠纷。
三、法律法规适用角度
《中华人民共和国土地管理法》：
- 该法规定了土地使用权转让的基本条件和程序。例如，以出让方式取得的土地使用权，转让房地产时，应当符合两个条件：第一，按照出让合同约定已经支付全部土地使用权出让金，并取得土地使用权证书；第二，按照出让合同约定进行投资开发，属于房屋建设工程的，完成开发投资总额的百分之二十五以上，属于成片开发土地的，形成工业用地或者其他建设用地条件。
- 转让方需确保所转让的土地使用权符合法律规定的转让条件。
《中华人民共和国民法典》（原《中华人民共和国合同法》相关内容已纳入）：
- 该法规定了合同的签订、履行、变更、解除及违约责任等。在土地使用权转让合同中，双方应明确约定各自的权利和义务，以及违约责任和纠纷解决方式。
- 若合同存在违法条款或违反公序良俗的情况，可能影响合同的效力。
四、实际操作建议
谨慎签订合同：
- 在签订土地使用权转让合同时，双方应充分了解法律法规，仔细审查合同条款，避免产生歧义或违法条款。
- 可聘请专业律师对合同进行审核，确保合同的合法性和有效性。
加强合同履行监管：
- 双方应加强沟通与合作，确保合同顺利履行。例如，转让方应按合同约定时间、条件交付土地使用权，并协助受让方办理土地变更登记等必要手续；受让方则需按时足额支付转让款。
- 如发现对方有违约行为，应及时采取措施维护自身权益，并保留相关证据以便后续处理。
依法解决纠纷：
- 若发生纠纷，双方应首先尝试通过友好协商或第三方调解的方式解决。这通常更为快捷和经济。
- 若协商和调解不成，可根据合同中的仲裁条款或诉讼管辖条款选择仲裁或诉讼途径解决纠纷。在选择仲裁或诉讼时，应遵循相关机构的程序和规则。
总结来看，两个公司之间协议转让出让土地使用权是否合法，取决于合同的有效性、土地使用权的合法性以及是否符合相关法律法规的规定。在签订和履行合同过程中，双方应谨慎行事，加强监管，并依法解决纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。