双方签订的土地使用权协议是否合法有效，取决于多个法律要素，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、协议有效的情形
主体适格：
- 双方当事人应具备相应的民事行为能力，即年满18周岁且精神正常，或虽未满18周岁但已被视为具有完全民事行为能力（如已满16周岁并以自己的劳动收入为主要生活来源的未成年人）。
- 转让方必须拥有合法的土地使用权，且该土地性质允许转让。例如，国有土地使用权人需已支付全部土地使用权出让金并取得土地使用权证书。
意思表示真实：
- 协议应基于双方的自愿和平等协商，不存在欺诈、胁迫或重大误解。双方应能理解协议的性质和后果，并独立进行民事活动。
内容合法：
- 协议内容应符合《土地管理法》、《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》、《农村土地承包法》等相关法律法规的规定。
- 特别是关于土地用途管制的规定，不得将农用地未经合法审批用于非农建设。
- 农村集体土地使用权的流转还需遵守集体土地流转的相关规定，如经过本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意。
形式要件：
- 协议应采用书面形式，明确双方的权利义务，包括土地的位置、面积、用途、转让价格、付款方式、交付时间等条款。
- 按照规定办理相关的审批和登记手续。例如，国有土地使用权转让需经土地管理部门批准，并办理土地使用权变更登记。
二、协议无效的情形
主体不适格：
- 非土地使用权人未经授权擅自签订转让协议，或一方当事人不具备相应的民事行为能力。
违反法律强制性规定：
- 协议内容违反法律法规的强制性规定，如土地用途违法、未经批准的集体土地流转等。
- 恶意串通，损害国家、集体或第三人利益，如为逃避债务而恶意低价转让土地使用权。
形式要件缺失：
- 仅两人签订协议而未按照法律规定签订专门的转让合同或办理过户登记手续。
三、法律建议
在签订土地使用权协议前：
- 确保双方具备相应的民事行为能力，且转让方拥有合法的土地使用权。
- 仔细审查协议内容，确保其符合相关法律法规的规定，特别是关于土地用途管制和集体土地流转的规定。
- 采用书面形式签订协议，并明确双方的权利义务。
在签订协议后：
- 按照规定办理相关的审批和登记手续，确保协议的合法性和有效性。
- 保留好相关证据，如协议原件、审批文件、登记证明等，以备不时之需。
若发生争议：
- 首先尝试通过协商解决争议。
- 若协商无果，可以依法向相关部门反映情况，寻求法律援助或提起法律诉讼，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设甲拥有一块合法的国有土地使用权，欲将其转让给乙。双方在平等自愿的基础上签订了土地使用权转让协议，并明确了土地的位置、面积、用途、转让价格等条款。随后，甲按照规定办理了土地使用权变更登记手续。在此情况下，该协议是合法有效的。反之，如果甲未经批准擅自将农用地用于非农建设，并与乙签订了转让协议，则该协议可能因违反法律法规的强制性规定而无效。
综上所述，双方签订的土地使用权协议是否合法有效，取决于多个法律要素。在签订协议前，务必确保满足所有法律要求；在签订协议后，也要按照规定办理相关手续并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。