公司转让协议在符合法定条件时是成立且合法的。具体来说，判断公司转让协议是否合法有效，需从以下几个方面进行考量：
主体适格：
- 转让方和受让方都应是依法成立且具有相应权利能力和行为能力的主体。例如，若转让方为公司，则需确保其有权依法转让公司资产或股权；若受让方为自然人，则需确保其具备完全民事行为能力。
意思表示真实：
- 协议内容需是双方真实意思表示，不存在欺诈、胁迫、重大误解等导致意思表示不真实的情形。若存在此类情形，受害方可请求法院撤销该协议。
内容合法：
- 协议内容不得违反法律法规的强制性规定，不得损害国家利益、集体利益或他人合法权益。例如，协议中不得包含逃避税收、违反行业监管规定等违法条款。
程序合法：
- 签订公司转让协议时，需遵循相关法律法规规定的程序。如涉及公司股权转让，可能需经过公司股东会决议、修改公司章程、办理工商变更登记等程序。若未履行相应程序，协议可能无法生效或存在法律风险。
若公司转让协议存在以下情形，则可能被认定为无效或部分无效：
违反法律强制性规定：
- 如协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，如金融行业公司股权转让未经相关监管部门审批等，协议可能无效。
恶意串通损害他人利益：
- 若转让方和受让方恶意串通，以低价或其他不正当方式转让公司资产或股权，损害公司其他股东、债权人等利益相关者的合法权益，该协议可能被认定为无效。
违反公司章程：
- 若公司章程对转让公司资产或股权有特别规定，如需经过特定程序或获得特定批准等，未遵循章程规定的程序进行转让的，协议可能因不符合公司内部管理规定而不具有法律效力。
为确保公司转让协议的合法有效，建议采取以下措施：
- 在签订协议前，对转让方和受让方的主体资格进行审查，确保其具备相应的权利能力和行为能力。
- 对协议内容进行仔细审查，确保其真实、合法、有效，不存在欺诈、胁迫等情形。
- 遵循相关法律法规规定的程序进行转让，如办理工商变更登记等。
- 在协议中明确双方的权利义务，包括转让标的、转让价格及支付方式、公司的交接、债务承担等，并规定违约责任以保障协议的顺利履行。
若在履行公司转让协议过程中发生纠纷，双方可依据协议约定及相关法律规定，通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。