针对您提出的“甲方清退乙方的员工怎么赔偿”的问题，这确实是一个涉及劳动法规定和具体情境判断的复杂问题。以下是我根据相关法律法规和常见实践，为您提供的详细解答：

一、合法清退与赔偿

1. 无需支付经济补偿的情形：

   • 如果乙方员工存在《劳动合同法》第三十九条规定的情形，如试用期间不符合录用条件、严重违反用人单位规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害等，甲方有权解除劳动合同且无需支付经济补偿。

2. 无过失性辞退与经济补偿：

   • 若乙方员工因患病或非因工负伤医疗期满后不能胜任工作、经培训或调岗后仍不能胜任工作、或因客观情况重大变化导致合同无法履行且协商未果等情形，甲方可以提前三十日以书面形式通知乙方或额外支付一个月工资后，解除劳动合同，并向乙方支付经济补偿。
   • 经济补偿金按乙方在甲方工作的年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。

3. 经济性裁员与经济补偿：

   • 若甲方因经营困难、企业转型等符合《劳动合同法》第四十一条规定的情形进行经济性裁员，需履行法定程序，并向乙方支付经济补偿，标准与无过失性辞退相同。

4. 特殊情况下的补偿：

   • 对于孕期、产期、哺乳期女职工，原则上不得辞退，除非存在重大过错。
   • 工伤或职业病员工在医疗期内或劳动能力受损时不得辞退，医疗期满后需支付补偿金及工伤补助。
   • 临近退休员工工作满15年且距退休不足5年，辞退需严格审查，并可能涉及额外的补偿。

二、违法清退与赔偿

• 若甲方违反《劳动合同法》规定解除或终止劳动合同，如未提前通知员工且无合法辞退理由，应依照经济补偿标准的二倍向乙方支付赔偿金。
• 赔偿金计算方式为：以乙方工作年限和月工资为基础，按上述经济补偿标准算出经济补偿金额，再乘以2得出赔偿金数额。

三、建议与注意事项

1. 充分沟通：

   • 在清退员工前，甲方应与乙方进行充分沟通，解释清退的原因和依据，以及可能涉及的赔偿问题。

2. 遵循法定程序：

   • 甲方应严格按照《劳动合同法》和相关规定履行清退程序，包括提前通知、支付经济补偿等，以避免承担相应的法律责任。

3. 咨询专业意见：

   • 在处理此类复杂问题时，建议甲方咨询专业的劳动法律师或人力资源专家，以确保自身权益得到妥善保障。

综上所述，甲方清退乙方的员工时的赔偿问题需综合考虑乙方的过错情况、甲方的解除原因以及具体的法律规定。在处理此类问题时，务必遵循法定程序，确保双方权益得到妥善保障。