关于转让店铺没收转让费是否可以退还及合法性的问题，结论前置如下：
- 若存在有效约定或法定撤销事由，转让费有可能退还；
- 转让行为本身必须合法，否则整个交易可能无效，转让费应当退还。
详细分析
一、转让费退还的可能性
基于约定的退款情形：
- 若双方在交易前明确约定了转让费的退还条件（如店铺未能成功办理经营许可、转让方未履行关键承诺等），且这些条件在后续得到验证，那么即使未签订正式合同，仅持有收条或其他付款凭证，受让方也有权要求退还转让费。
- 收条或付款凭证上若注明了退款相关事宜，并且实际发生了符合退款条件的情况，受让方同样可以要求退款。
法定可撤销或解除合同情形：
- 重大误解：受让方因对转让标的存在重大误解（如误以为店铺具有某种特殊资质或经营优势）而支付转让费，有权依据《民法典》请求撤销合同并要求退还转让费。
- 欺诈：转让方故意隐瞒重要事实（如店铺即将拆迁、存在法律纠纷等）或提供虚假信息导致受让方支付转让费，受让方可以欺诈为由请求撤销合同并退还转让费。
- 显失公平：转让交易中权利义务明显不对等，转让费与实际权益严重不匹配时，受让方可请求撤销合同并要求退还转让费。
无正当理由的退款请求：
- 若既无约定退款情形，也不存在法定撤销或解除合同的事由，且受让方已实际接收并经营店铺，那么仅凭收条或其他付款凭证要求退还转让费通常较为困难。
合同签订情况的影响：
- 已签订正式转让合同时，合同条款成为判断转让费是否可退还的主要依据。若合同中明确约定了退款条件或违约责任，则按合同约定处理。
- 未签订正式合同时，法院会根据双方提供的证据（包括收条、聊天记录、转账记录等）来判断转让行为的有效性及转让费是否应退还。
二、转让行为的合法性
合法的转让行为：
- 转让的是合法的经营权、使用权等，且整个转让过程符合法律法规规定（如已办理相关变更登记手续），则收条作为交易凭证具有法律效力。
- 即使后续产生退款纠纷，收条仍可作为证明交易关系的有效证据。
违法的转让行为：
- 若转让的是法律禁止转让的物品、资质或涉及非法经营的店铺等（如无证经营、转让违禁品等），则整个转让交易可能被认定无效。
- 在这种情况下，转让费应当退还，且违法转让行为还可能面临法律制裁（如罚款、没收违法所得等）。
建议与指导
签订正式合同的重要性：
- 为避免法律争议，强烈建议在转让交易中签订正式的转让合同，并明确约定双方的权利义务、转让费的支付方式及退还条件等关键条款。合同应尽可能详细、具体，以减少后续纠纷的可能性。
保留相关证据的必要性：
- 交易过程中应妥善保留收条、聊天记录、转账记录、涉及店铺交接的文件等相关证据。这些证据将有助于在发生争议时证明转让关系的存在及转让过程中的问题。
及时咨询专业律师：
- 若在转让过程中遇到法律问题或纠纷，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律建议和有力的法律援助。作为专业律师，我可以为你提供全面的法律咨询和代理服务。
综上所述，转让店铺没收转让费是否可以退还及整个交易的合法性需根据具体情况综合判断。为降低法律风险并保障自身权益，建议在转让交易中务必签订正式合同并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。