当法院以管辖权异议为由不予立案时，您可以采取以下步骤来维护自己的合法权益：

一、明确不予受理的具体原因

首先，您需要仔细审查法院作出的不予受理裁定书，了解法院不予受理的具体理由。常见的原因可能包括：

1. 超过法定期限：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，您需要在提交答辩状期间提出管辖权异议。如果逾期提出，法院可能会以超过法定期限为由不予受理。

2. 不符合法定条件：您的管辖权异议申请可能不符合法律规定的格式或内容要求，或者没有提供充分的证据支持。

3. 其他程序性问题：如案件已经由其他法院受理并正在审理中，或者管辖权异议与案件实体问题交织在一起难以分离等。

二、针对不同原因采取相应措施

1. 针对超期问题：

   • 如果您有正当理由（如不可抗力或其他正当事由）导致未能及时提出管辖权异议，可以尝试向法院说明情况，请求法院酌情考虑。但需注意，法律对期限的规定通常具有强制性，因此这种情况下的成功可能性相对较小。

2. 针对不符合法定条件问题：

   • 重新审视您的申请，确保符合法律规定的格式和内容要求，并提供充分的证据支持。然后，重新向有管辖权的法院提出管辖权异议申请。

3. 针对其他程序性问题：

   • 如果案件已经由其他法院受理，您可能需要等待该案件审理完毕后再考虑管辖权问题。如果管辖权异议与案件实体问题交织在一起，您可以尝试在案件审理过程中提出相关意见，或者通过其他合法手段维护自己的权益。

三、寻求救济途径

1. 向上级法院提起上诉：

   • 根据法律规定，您对管辖权异议裁定不服的，可以在裁定书送达之日起十日内向上一级人民法院提起上诉。在上诉过程中，您应详细阐述自己的理由和依据，并提供相关证据材料。

2. 申请再审（在特定情况下）：

   • 虽然再审程序主要针对的是已经发生法律效力的判决、裁定，但在某些特殊情况下，如果您认为管辖权异议裁定存在重大错误且影响案件公正审理，也可以尝试通过申请再审的方式来寻求救济。不过，再审程序的启动条件较为严格，需要您提供充分的证据证明原裁定存在错误。

3. 向检察机关申请监督：

   • 如果您认为法院的管辖权异议裁定存在违法情形，还可以向检察机关申请监督。检察机关在审查后，如果认为裁定确实存在问题，可以向法院提出检察建议或抗诉。

四、利用其他合法手段维权

在管辖权异议上诉被不予受理后，您仍可以通过其他合法手段来维护自己的权益。例如，在案件实体审理过程中积极举证、质证和辩论，争取有利的判决结果；或者在判决生效后通过执行程序来保障自己的合法权益。

总之，面对法院以管辖权异议为由不予立案的情况，您需要保持冷静，仔细审查裁定书，明确不予受理的原因，并采取相应的措施来维护自己的合法权益。如有需要，您可以咨询专业律师以获取更具体的法律建议。