结论前置：厂里上班上厕所扣工时，这一行为是否违法，需根据具体情况来判断，但通常情况下，这种做法是不合理的，甚至可能违法。以下从不同角度进行分析：

1. 从劳动法的角度来看：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者享有休息休假的权利，这包括在工作时间内合理的休息时间，如上厕所等生理需求的时间。工厂因员工上厕所而扣除工时，实际上是在剥夺劳动者合理的休息时间，这违反了劳动法的基本原则。
   • 工厂应当合理安排工作时间和休息时间，确保劳动者在工作过程中能够得到必要的休息，以保障其身体健康和工作效率。如果工厂因为员工上厕所而扣除工时，这可能会被视为对劳动者权益的侵犯。

2. 从劳动合同和规章制度的角度来看：

   • 工厂与员工签订的劳动合同中，通常会明确规定工作时间、休息休假等条款。如果劳动合同中没有明确规定上厕所需要扣除工时，那么工厂单方面扣除工时就是违法的。
   • 即使工厂有内部的规章制度规定上厕所需要扣除工时，但这一规定如果与劳动法相抵触，或者未经员工同意（如未通过民主程序制定并公示），那么这一规定也是无效的。员工有权拒绝执行违法的规章制度。

3. 从实际操作和合理性的角度来看：

   • 上厕所是每个人的生理需求，是不可避免的。工厂因为员工上厕所而扣除工时，不仅不合理，而且难以执行。因为无法准确计算员工上厕所的时间，也无法确保每个员工上厕所的时间都相同。
   • 如果工厂因为员工上厕所而扣除工时，可能会导致员工为了不被扣工时而减少上厕所的次数，从而影响其身体健康和工作效率。这种做法既不利于员工的身心健康，也不利于工厂的长期发展。

建议：

• 如果员工遇到工厂因上厕所而扣除工时的情况，可以首先与工厂进行协商，要求工厂停止这种不合理的做法。
• 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求法律援助和保护。
• 在整个过程中，员工应当保留好相关证据，如工资条、考勤记录等，以便在需要时证明自己的权益受到了侵犯。

可能后果：

• 如果工厂因员工上厕所而扣除工时的行为被认定为违法，那么工厂可能需要承担相应的法律责任，如支付赔偿金、恢复员工名誉等。
• 同时，这种违法行为也可能会对工厂的声誉和形象造成负面影响，影响其长期发展。

总之，厂里上班上厕所扣工时这一做法通常是不合理的，甚至可能违法。员工应当了解自己的权益，并在必要时采取法律措施来保护自己的合法权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。