结论前置：工厂以员工上厕所为由进行罚款的行为，通常违反劳动法相关规定，员工有权拒绝并可通过法律途径维权。以下从不同角度展开分析：

1. 罚款的合法性
   根据《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》，用人单位不得随意克扣劳动者工资。罚款属于对劳动者财产的处分，需有明确的法律依据或规章制度支持。若工厂未在劳动合同或经民主程序制定的规章制度中明确“上厕所超时罚款”条款，或该条款本身违反法律强制性规定（如侵犯劳动者基本人权），则罚款行为不合法。

2. 劳动者基本权利保障
   《劳动法》第三条规定，劳动者享有“获得劳动安全卫生保护”“休息休假”等权利。上厕所是人的基本生理需求，属于劳动者在劳动过程中的合理必要行为。工厂若以“上厕所超时”为由罚款，实质上限制了劳动者的人身自由和基本权利，可能构成对劳动法的违反。

3. 规章制度的有效性
   即使工厂在规章制度中规定了“上厕所罚款”条款，也需满足以下条件才可能被认定为有效：

   • 规章制度需经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定；
     
   • 规章制度内容需合法合理，不得违反法律强制性规定或公序良俗；
     
   • 规章制度需向劳动者公示或告知。
     若未满足上述条件，该条款对劳动者不产生约束力。

4. 维权途径
   若工厂实施了非法罚款行为，劳动者可采取以下措施：

   • 与工厂协商：要求工厂撤销罚款决定，返还被扣工资；
     
   • 向劳动监察部门投诉：劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并责令改正；
     
   • 申请劳动仲裁：若协商和投诉无果，劳动者可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求工厂支付被扣工资及赔偿金；
     
   • 提起诉讼：对仲裁结果不服的，可向人民法院提起诉讼。

建议：若您遇到类似情况，建议首先保留相关证据（如罚款通知、工资条、规章制度等），然后与工厂协商或向劳动监察部门投诉。如需进一步法律帮助，可直接向我咨询。