根据劳动法规定，工厂不可以直接对员工进行罚款。罚款属于行政处罚权，一般由行政机关行使，而工厂作为企业，并不具备对员工进行罚款的天然权力。以下是对此问题的详细解答：
一、工厂罚款的合法性分析
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 第九十一条进一步规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，将受到劳动行政部门的责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
罚款权的归属：
- 罚款是行政处罚的一种，其权力归属于行政机关，工厂无权直接对员工进行罚款。
二、合法扣款与赔偿规定
合法扣款条件：
- 虽然工厂不能直接罚款，但如果劳动合同中有明确约定，或工厂依法制定并公示的规章制度中包含违规扣款条款（且不违反法律法规的强制性规定），则工厂可以在员工违规时从工资中合理扣除相应款项作为赔偿。
- 扣款必须满足内容合法、经民主程序制定、向员工公示或告知等条件。
经济损失的赔偿：
- 若员工因故意或重大过失给工厂造成经济损失，工厂可以要求员工赔偿。但赔偿需基于劳动合同的约定或工厂的规章制度，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
三、员工权益保障措施
- 沟通协商：员工认为工厂的罚款行为不合法或不合理时，首先可以与工厂进行沟通协商解决。
- 投诉举报：协商不成的情况下，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 法律诉讼：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，员工还有权向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的权益。
综上所述，工厂在上班期间对员工进行直接罚款是违法的。工厂应当通过合法途径处理员工的违规行为或经济损失，并确保扣款行为符合法律法规的规定。同时，员工也应了解自己的合法权益，当遇到不合法的罚款行为时，能够采取有效的措施进行维权。