工厂在一般情况下是不可以直接罚员工款的。罚款作为行政处罚的一种，依据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，只能由具有执法权的单位来执行，而工厂并不属于这一范畴，因此不具备直接对员工进行罚款的权力。

然而，在特定情况下，如果员工的行为给工厂造成了经济损失，工厂是有权要求员工进行赔偿的。这种赔偿请求是基于民事法律关系的，即员工与工厂之间的劳动合同关系。根据劳动合同的约定和相关法律法规的规定，员工有义务对自己的过错行为承担相应的民事责任，包括赔偿工厂的经济损失。但需要注意的是，赔偿金的扣除应遵循一定的限制，根据《工资支付暂行规定》，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

如果员工认为自己被工厂非法罚款了，可以首先与工厂进行沟通和协商，了解具体的赔偿要求和依据。如果双方无法达成一致意见，员工可以寻求法律援助，通过法律途径来维护自己的合法权益。同时，工厂在要求员工赔偿经济损失时，也应当遵循合法、公正、公平的原则，确保员工的合法权益不受侵犯。

综上所述，工厂不能直接罚员工款，但在员工给工厂造成经济损失的情况下，可以要求员工进行赔偿。在处理此类问题时，双方都应遵循相关法律法规和劳动合同条款，以确保各自权益得到妥善保护。