结论：公司少发工资，且其中一部分本应以加班费形式发放但实际未发放的，您可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
分析说明：
加班费的性质与支付：
- 加班费是劳动者在超出正常工作时间外提供劳动时，用人单位应支付的额外报酬。根据《劳动法》及相关规定，加班费是劳动者劳动报酬的重要组成部分，用人单位必须按照法定标准支付。
- 如果公司未按照法定标准或约定支付加班费，即构成了对劳动者权益的侵害，劳动者有权要求公司补发加班费。
少发工资与加班费的关系：
- 在您的情况下，公司少发的工资中包含了一部分本应以加班费形式发放的款项。这意味着公司不仅整体少发了工资，还具体未支付加班费这一特定部分的报酬。
- 无论公司少发工资的原因是什么，只要其中包含了未支付的加班费，您都有权就这部分加班费申请劳动仲裁。
申请劳动仲裁的依据与流程：
- 依据：根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动者与用人单位之间因劳动报酬、加班费等发生的争议，属于劳动仲裁的受理范围。
- 流程：您需要准备相关证据（如工资条、考勤记录、加班通知等），以证明公司存在少发工资且未支付加班费的事实。然后，向当地劳动仲裁委员会提交仲裁申请，并按照仲裁委员会的指引参与仲裁程序。
可能的法律后果：
- 如果仲裁委员会认定公司确实存在少发工资且未支付加班费的行为，将会裁决公司补发工资及加班费，并可能要求公司支付一定的经济补偿或赔偿金。
- 如果公司拒不执行仲裁裁决，您还可以向人民法院申请强制执行。
行动建议：
- 收集证据：尽快收集与工资和加班费相关的所有证据，包括工资条、考勤记录、加班通知、与公司的沟通记录等。
- 咨询与申请：在准备好证据后，可以向当地劳动仲裁委员会咨询具体申请流程，并提交仲裁申请。
- 保持沟通：在仲裁过程中，保持与仲裁委员会和公司的沟通，及时了解仲裁进展和结果。
如果您在申请劳动仲裁过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。