物业甲方以卫生不合格扣乙方保洁公司20%款项是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同有明确约定：
- 如果物业甲方与保洁公司签订的合同中明确规定了卫生不合格时的扣款比例或方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么物业甲方按照合同约定扣款是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方应当按照约定履行自己的义务。如果合同中有明确约定，双方应遵守。
合同无明确约定或约定不明：
- 如果合同中没有明确规定卫生不合格时的扣款比例或方式，或者约定不明确，那么物业甲方单方面扣款可能缺乏合同依据，此时扣款行为可能不合法。
- 建议：在这种情况下，双方应首先通过协商解决争议。如果协商不成，可以依据相关法律法规或行业惯例，通过仲裁或诉讼等途径解决。
二、法律法规角度
扣款行为需合法合规：
- 物业甲方扣款时，必须确保扣款行为本身不违反法律法规的强制性规定。例如，扣款金额不能超过法定限额，扣款方式不能侵犯保洁公司的合法权益等。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，任何单位或个人不得非法侵犯他人的财产权益。
卫生不合格需有证据支持：
- 物业甲方主张卫生不合格并扣款时，必须提供充分的证据支持其主张。例如，可以提供卫生检查记录、照片或视频等证据。
- 建议：如果物业甲方无法提供充分证据，其扣款行为可能缺乏合法性依据，保洁公司有权要求物业甲方返还扣款。
三、实际操作角度
扣款前应通知并说明理由：
- 物业甲方在扣款前，应提前通知保洁公司并说明扣款的理由和依据。这有助于保洁公司了解扣款情况并作出相应调整。
- 建议：通过书面通知或会议记录等方式留下证据，以备后续争议解决之需。
扣款后应提供整改机会：
- 如果卫生不合格是由于保洁公司的疏忽或过失造成的，物业甲方在扣款后应给予保洁公司整改的机会。这有助于促进双方的合作和问题的解决。
- 建议：双方可以约定整改期限和整改标准，并在整改期限届满后进行复查。
针对您的情况，我给出以下建议：
- 首先，仔细审查与物业甲方签订的合同，了解其中关于卫生不合格时的扣款约定。
- 其次，如果合同中有明确约定且符合法律法规的强制性规定，那么应遵守合同约定；如果合同无明确约定或约定不明，或者扣款行为违反法律法规的强制性规定，那么可以通过协商、仲裁或诉讼等途径解决争议。
- 最后，无论采取何种方式解决争议，都应保留好相关证据以备后续之需。
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