结论：个人截留公司资金，款项已退后被公司辞退，是否可以申请赔偿金需分情况讨论。

分析：

1. 若个人截留公司资金的行为构成严重违反公司规章制度：

   • 根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
   • 在此情况下，由于个人行为已经严重违反了公司规章制度，公司有权辞退员工，且员工无权要求赔偿金。

2. 若个人截留公司资金的行为未构成严重违反公司规章制度，或公司规章制度中未明确规定此类行为为严重违规：

   • 如果公司以此为由辞退员工，可能构成违法解除劳动合同。
   • 根据《劳动合同法》第四十八条和第八十七条，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
   • 在此情况下，员工有权要求公司支付赔偿金，赔偿金的计算方式为：经济补偿标准的二倍，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

3. 若公司辞退行为存在程序瑕疵：

   • 即使员工的行为构成严重违规，如果公司在辞退过程中未遵循法定程序（如未提前通知工会、未告知员工辞退理由等），也可能构成违法解除。
   • 在此情况下，员工同样有权要求公司支付赔偿金。

建议：

• 首先，员工应仔细审查公司规章制度，了解个人行为是否构成严重违规。
• 其次，员工应核实公司辞退程序是否合法，包括是否提前通知工会、是否告知辞退理由等。
• 如果员工认为公司辞退行为违法，可以与公司协商要求支付赔偿金；协商不成的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

注意事项：

• 在处理此类纠纷时，员工应保留好相关证据，如公司规章制度、辞退通知、工资单等，以便在仲裁或诉讼过程中证明自己的主张。
• 由于劳动法律纠纷具有复杂性和专业性，建议员工在处理过程中咨询专业律师，以确保自己的合法权益得到保障。

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